Запятая не требуется, верно: нашёл его глубоким стариком, несмотря на то что в тот момент учёному было всего 37 лет.

Вторая запятая в предложении не требуется.

Запятая не ставится внутри выражений фразеологического характера с двумя повторяющимися союзами и…и, ни…ни, ср. и туда и сюда, и так и этак, ни тот ни другой и т. д.

Никаких отклонений от норм в этом предложении не наблюдается. Количество деепричастных оборотов нормой не регламентируется, оно ограничено только здравым смыслом: если перегрузить предложение, скажем, десятком деепричастных оборотов, оно будет плохо восприниматься или вообще не будет восприниматься. Но это относится не только к деепричастным оборотам.

Единственное, к чему можно (при очень большом желании) придраться, — это вид второго деепричастия. Сказуемое в предложении выражено глаголом несовершенного вида (обозначается длительный процесс), а оба деепричастия — совершенного вида. Первое из них воспринимается как обозначение действия, предшествовавшего основному (сначала затаил дыхание, затем наблюдает). Второе, поскольку оно тоже совершенного вида, также воспринимается как обозначение предшествовавшего действия: отметил и наблюдает. Но в таком случае не вполне логично то, что оно находится после основного сказуемого: должно бы тоже предшествовать. Позиция второго деепричастия объясняется тем, что ему подчинено изъяснительное придаточное, в котором заключен смысл, ради выражения которого в значительной мере написано и все предложение. Если переместить деепричастие вместе с придаточным в позицию слева от основного сказуемого, предложение станет читаться значительно хуже, а акцент на смысле придаточного пропадет. А оторвать придаточное от деепричастия не получится.

Раз второе деепричастие должно находиться все-таки справа от основного сказуемого. ближе к концу главной части, оно должно было бы обозначать действие, происходящее одновременно с основным; но в таком случае оно должно было бы иметь несовершенный вид (ср. с другим глаголом: ...наблюдал за серым зайчиком, удивляясь про себя тому, что даже зверек...). Однако удивляться можно продолжительное время, а отмечать про себя (что-то одно, и без значения повтора) — нет. В итоге автор предложения остановился на данном варианте — по-видимому, проигнорировав получившуюся шероховатость.

Извините за задержку с ответом. Такое произношение не соответствует литературной норме. В литературном языке на месте звонкого согласного [г] на конце слова произносится парный глухой согласный [к]. Звук [х] произносится только в слове бог. Произнесение на конце слов звука [х] – характерная черта некоторых русских диалектов. Подробнее см. в диалектологическом атласе «Язык русской деревни».

Слово зайчата стоит в винительном падеже. А определить, в каком падеже стоит слово – в винительном или в родительном, всегда может помочь мама.

Вместо слова, которое вызывает затруднение, подставляем слово мама. У него формы винительного и родительного падежей различаются: Р. п. – нет  мамы, а В. п. – вижу маму. Принесли зайчат (принесли маму) – В. п., но глаз не спускает с зайчат (глаз не спускает с мамы) – Р. п.

Тире не ставится, так как подлежащее (ты) выражено местоимением.

1. Запятая не требуется. Сочетание составили протест не вполне корректно. Возможный вариант: Пять князей и 14 городов — сторонников лютеранства выступили с протестом. 2. Предпочтительно: не допустить роста цен.

Правила русского языка этот случай не регламентируют.

Запятая перед закрывающей кавычкой не ставится никогда.