Корректно: представление списков в ФМС России...
Пунктуация корректна. Обратите внимание: знак % нужно отделить от цифры пробелом.
Да, после вводного слова в частности ставится запятая.
Корректно: В связи с проведением мероприятий в целях транспортного обслуживания прошу Вас сформировать заявку на автомобильный транспорт.
Запятая не нужна.
Слово кажется в этом предложении вводное, оно выражает неуверенность говорящего (пишущего) в том, что он сообщает. Если требуется подчеркнуть, что вводное слово относится не ко всему высказыванию в целом, а только к наречию осознанно, можно оформить его как вставку: Художник Иван в своем творчестве — кажется, осознанно — избегал связи с абстрактной живописью.
Кроме точки в конце, никакие знаки препинания не нужны.
В данном предложении усматривается ошибка многословия и злоупотребления особенностями официально-делового стиля речи. Корректно: В связи с внезапным ухудшением погоды демонстрация была перенесена на завтра.
Начинать предложение или абзац с такой фразы вполне грамотно и возможно.
