Оба варианта пунктуационного оформления предложения корректны.

В «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указано следующее. 

Слова на -мый (причастия и отглагольные прилагательные) пишутся раздельно, если они употребляются без не и при этом имеют:

а) в качестве пояснительных слов местоимения и наречия, начинающиеся с ни;

б) усиливающие отрицание сочетания далеко не, вовсе не, отнюдь не и др.;

в) усиливающий отрицание повторяющийся союз ни... ни;

г) зависящие от них существительные в творительном падеже со значением действующего лица или орудия действия.

Во всех остальных случаях они пишутся слитно. 

В примере невидимые за листьями нет ни одного из условий для раздельного написания, поэтому нужно писать слитно.

По правилам координации здесь действительно нужно тире вместо дефиса: клеточные линии — продуценты рекомбинантных белков. См. пункт 1 параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Корень чес/чит/чёт/чт «уважение», представленный, например, в словах честь, честной, честить, почитать, почёт, почтение, чту, тоже относится к корням с чередованием: для передачи безударного гласного в словах с суффиксом -а- пишется буква и. Наличие омонимичного глагола почитать «читать некоторое время» не отменяет написания почитать в значении «чтить» через и.

В этом предложении нужно обособить причастный оборот, в других позициях запятые не нужны: Достоверность сведений, указанных в исполнительном документе, подтвердил секретарь судьи Ивановой М. А. — Кузнецов И. В. по телефону 8(ХХХ)ХХХ-ХХ-ХХ.

Запятая не нужна.

Правильно раздельное написание, т. к. здесь отрицается понятие, а не создается новое: не единственным распространителем подобных стереотипов.

Именно такие конструкции в справочниках по правописанию не представлены, но постановку/непостановку запятой можно объяснить структурным (синтаксическим, грамматическим) принципом русской пунктуации, который взаимодействует со смысловым принципом. Так, причастный оборот, стоящий после определяемого слова, в общем случае обособляется, но если включен в состав сказуемого (До шалаша мы добежали промокшие насквозь), то не обособляется. В этом случае он связан не только с определяемым существительным (местоимением), но и с глаголом, составляя смысловой центр предложения. Представляется, что то же самое наблюдается и в приведенном Вами предложении: причастный оборот тесно связан с порядковым числительным по смыслу и входит в состав именной части сказуемого, а потому запятая перед ним не ставится. Добавим, что «в присутствии» существительного всё было бы иначе, сравним: Ежегодные старты стали 43-ми по счету стартами, проходившими в столице Южного Урала. 

Это тире необходимо. Оно используется для отделения пояснительной конструкции, относящейся к сочетанию две ключевые позиции. См. параграф 82 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

В «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указано: 

При подлежащем – относительном местоимении кто (в функции союзного слова в придаточном предложении) сказуемое может стоять как в форме единственного, так и в форме множественного числа, например:
а) Все, кто не потерял еще головы, были против (Сергеев-Ценский); ...Те, кто не успел к двери, кинулись в радостной панике к окнам (Макаренко);
б) Тут эти люди, кто по неразумию своему малодушно положили оружие, узнали стыд... (А.Н. Толстой); В полку служат теперь те, кто десять лет назад были пионерами, бегали в школу, играли в снежки (Б. Полевой).
Форма множественного числа, возможная при условии, что в главном предложении соотносительное слово и сказуемое тоже стоят во множественном числе, подчеркивает множественность производителей действия. Ср. разные формы согласования в одном и том же сложном предложении: Все, кто мог ехать, ехали сами собой; те, кто остановились, решали сами с собой, что им надо было делать (Л. Толстой).