Да, запятая нужна. 

Если географическое название представлено формой множественного числа, то оно не согласуется с родовым словом: в городе Кимры.

Наиболее подробно вопрос сочетания парного тире, выделяющего вставку, с другими знаками препинания, освещен в примечании 4 к параграфу 26.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя. Примеров, аналогичных Вашему, там не приведено. Исходя из того, что «перед первым тире ставится запятая, если этого требует структура первой части основного предложения», а в данном случае структура того не требует (нет оборотов, которые нужно закрыть), можно рекомендовать не ставить запятую в этой позиции.

Такой необходимости нет. Запятая корректна.

Разделяем Ваши сомнения. Постановка парных тире создает в предложении сочетание Жил он у приятеля маленького и неторопливого человека (если изъять из предложения часть, выделенную парным тире, возникнет именно такое сочетание). Безусловно, необходимо другое пунктуационное оформление ряда поясняющих приложений: Жил он у приятеля — вузовца Обручева, маленького и неторопливого человека. 

В указанном месте нет оснований для постановки сразу двух знаков. Очевидно, автор, К. Г. Паустовский, использовал запятую и тире как единый знак, в целом довольно распространенный в художественных текстах XIX — первой половины ХХ века. В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), в примечании 1 к параграфу 130, указано, что «знак этот в настоящее время утрачивает свою активность».

Скорее всего, здесь следует обсуждать употребление не прозвищ, а оценочных слов, имеющих негативное значение, а соответственно, не предполагающих написание с прописной буквы.

Корректно: Они верят, что Прекрасная Россия Будущего непременно появится/возникнет. 

Спасибо за добрые слова)

Однозначный ответ на Ваш вопрос дать не получится. Противоречия в словарных рекомендациях — это как раз сигнал того, что норма меняется и варианты конкурируют прямо сейчас. До недавнего времени словари настаивали, что верно только до́гмат, а вариант догма́т запрещался, хотя был очень распространен, в том числе в речи грамотных, образованных людей. «Большой орфоэпический словарь русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, Р. Ф. Касаткиной решился признать этот факт и поместить ударение догма́т на первое место, а до́гмат сопроводить пометой «устарелое». Это решение другими словарями пока не поддержано, в большинстве изданий (в том числе адресованных работникам эфира) по-прежнему только до́гмат, но направление движения, безусловно, в сторону ударения догма́т.

Спасибо за замечание! Поправили ответ.