Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Вы совершенно правы: выражение осознанный человек ошибочно с точки зрения лексической сочетаемости. 

На практике - клиффхэнгер. Пока нет словарной фиксации, править это написание на другое не нужно.

Концепт – модный сейчас термин, под ним понимают и смысл слова, значимый для определенной культуры, менталитета, и связь между звучанием и значением слова, сложившуюся в индивидуальном сознании каждого отдельного человека. Распространенность и в то же время малопонятность этого термина вызывают и ироническое к нему отношение. Например, вот что пишет об этом слове известный прозаик и критик, профессор МГУ В. И. Новиков в только что вышедшем из печати «Словаре модных слов» (М.: Словари XXI века, 2016):

«Латинское слово conceptus означает "понятие". Это и есть простой русской эквивалент для "концепта".

Однако не все стремятся к простоте. "Она всего нужнее людям, но сложное понятней им", – сказано у Пастернака.

Профессиональные гуманитарии словечка в простоте не скажут, они предпочитают изготавливать сложные языковые коктейли. Вот наглядный пример: где-то была статья на тему "Концепт водка в русской культуре". Речь там шла о самом слове водка и его жизни в языке, о соответствующем литературном мотиве, об образе "зеленого змия" в искусстве. "Концепт" в таком употреблении – то ли слово, то ли понятие, то ли образ, то ли мотив.

Хамелеонистый какой-то термин, собственной устойчивой окраски не имеет».

Скорее всего, дело в том, что словарь с более "свежей" датой использует в качестве первоисточника более старый вариант словаря того же автора.

Оба варианта - и "убивает микробов", и "убивает микробы" - нормативны. Можно проверить это, например, по "Грамматическому словарю русского языка" А. А. Зализняка.

Слово "засор" словари русского языка фиксируют.

Да, всё верно. Написание н – нн зависит от того, чем является слово – отглагольным прилагательным (тогда нужна одна буква н) или причастием (тогда пишутся две буквы н). Жареная картошка – здесь жареная отглагольное прилагательное. Как только появляются зависимые слова, отглагольное прилагательное превращается в причастие, поэтому нужны две буквы н: жаренная с грибами картошка (картошку жарили с грибами, т. е. слова с грибами относятся к причастию жаренная). В примере жареная картошка с грибами слова с грибами не относятся к слову жареная (грибы не имеют отношения к процессу жаренья, ведь их добавили потом). Таким образом, здесь перед нами снова отглагольное прилагательное (нет зависимых слов), поэтому пишется одна буква н.