В явлении, которое Вы описываете, проявляется важный закон языка – закон экономии. В соответствии с литературной нормой нужно говорить: распечатать файл в формате pdf, перевести документ в формат pdf и т. п. Но эти выражения слишком длинны, и вот язык рождает новые, необходимые для быстрой коммуникации слова. Эти слова относятся к профессиональному жаргону и произносятся с гласными – по законам русской фонетики: [спэдээф'], [п'эр'эпэдээф'ит'].

Правила постановки знаков препинания при сочетании вводного слова и обособленного оборота изложены в параграфе 93 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). В справочниках и специальной литературе не отмечено, что вводные слова разных семантических групп «ведут себя» в таких условиях по-разному. 

Другое дело, что, если вводное слово находится в начале оборота, пишущему действительно хочется как-то выделить и сам оборот, и вводное слово. В этом случае одними только запятыми не обойтись, нужно использовать еще и тире. Такие ситуации подробно проанализированы в статье С. В. Друговейко-Должанской «О корректировке правил пунктуационного оформления вводных конструкций (тире перед вводными словами и словосочетаниями)» (#ТОТСБОРНИК: Сборник научных трудов по материалам Тотального диктанта. Новосибирск, 2017. Вып. 2. С. 132—145).

Сочетание в рамках (чего) в приведенном предложении действительно употреблено в значении предлога (такое значение зафиксировано, в частности, в «Большом толковом словаре» на нашем портале). На постановку знаков препинания при оборотах с производными предлогами или предложными сочетаниями влияют разные факторы, один из которых — позиционный: если оборот располагается между подлежащим и сказуемым, он обычно обособляется. В Вашем примере именно такой случай: оборот располагается между подлежащим филиал и сказуемым информирует.

Вы правы, запятая перед вторым тире в этом предложении не нужна.

В отличие от слова компас, у слова мастопатия нет акцентологических вариантов. А вот слова́ с ударным и в части -патия есть, хотя большинство из них имеют варианты: миелопа́ти́я, миопа́ти́я, нефропа́ти́я, пародонтопати́я, энцефалопа́ти́я.

В случае если подчеркивается отрицание, не правда следует писать раздельно как в вопросительных, так и в повествовательных предложениях.

Что касается второго примера, то в нем выражается утверждение признака, поэтому неправда пишется слитно. В данном случае нельзя руководствоваться только формальным строением предложения (наличием слова разве). Как сказано в академическом справочнике под ред. В. В. Лопатина, пишущий должен отдавать себе отчет в том, что он хочет выразить: отрицание признака или утверждение признака. От выбора написания будет зависеть и понимание написанного читающими.

Безусловно, высказывания со словами и сочетаниями, обозначающими мыслительную деятельность, типа Исходя из показателей в отчетной книге за 2030 год, можно сделать вывод, что предприятие работало в убыток, более правильны, чем высказывания без этих слов и сочетаний, типа Исходя из показателей в отчетной книге за 2030 год, предприятие работало в убыток. Вместе с тем однозначно ошибочными высказывания второго типа считать нельзя. Здесь мы имеем дело с так называемыми асимметричными конструкциями, в которых число частей не соответствует числу ситуаций. Сравним пример, приведенный в учебнике «Современный русский язык» под ред. Е. И. Дибровой (М., 2008, с. 427): Если хотите купить хлеба, то булочная направо. Сравним развернутый вариант: Если хотите купить хлеба, то (имейте в виду, знайте, что) булочная направо. 

Корректно: 1) озера с площадью зеркала; 2) водноэнергетический; 3) Хранилища служат источниками неиспользуемых в технологии хлоридно-натриевых рассолов; 4) абразионно-размываемый, водно-ледниковый, слабо связный; 5) озеро Княжье (2021); 6) метеостанция М-47; 7) с уклоном 70–80 градусов (словесная форма допустима); 8) вариант народохозяйственный изредка встречается в специальных текстах, однако рекомендуем прилагательное народно-хозяйственный.  

Вы совершенно правы, вводное слово образует с обособленным оборотом единое целое и не отделяется от него знаком препинания (см. параграф 93 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).