Орфографическая форма этого слова пока не установлена академическим орфографическим словарем. Сейчас написание колеблется: пишут и слитно, и раздельно, и через дефис. Предполагаем, что будущее все же за слитным написанием, так как часть ап в русском языке не обладает достаточной смысловой самостоятельностью. Есть и орфографические аналогии: пикап, мейкап.
Фраза «дрожать от мышей» является неправильной, потому что глагол «дрожать» в русском языке употребляется с существительными, обозначающими эмоции или состояния, а не с существительными, обозначающими живых существ. Например: дрожать от страха, дрожать от страха перед мышами, дрожать от холода, дрожать от волнения.
Так сложилось исторически, такова литературная норма. Русское ударение подвижное и разноместное, в разных словах (и даже формах одного слова) может падать на разные слоги. Аналогии и рассуждения «если правильно... то должно быть ...» к ударению в русском языке неприменимы, в спорных случаях надо обращаться к орфоэпическим словарям.
В современном русском языке в слове ссора выделяется корень ссор-; слова мусор и ссора однокоренными не являются. Более того, не являются они и этимологически родственными, т. к. происходят от разных основ: мусор связывают с мусолить, а слово ссора возводят к тому же корню, что и свара, сварливый.
Словарная фиксация есть, причем неодинаковая: «Моссад» (Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Прописная или строчная? – 7-е изд., перераб. и доп. М., 2005) и МОССАД (Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2011). Первый вариант употребляется чаще.
В современном русском литературном языке правильны оба варианта: олЕнина и оленИна. Но в словарях, адресованных работникам радио и телевидения (где традиционно дается только один вариант даже в случае равноправности), зафиксировано: оленИна. Это означает, что именно этот вариант рекомендуется для эфира (но не означает, что ударение олЕнина неверное).
Дать общую рекомендацию для всех подобных случаев затрудняемся: грамматические свойства названий веб-ресурсов, совпадающих одновременно с нарицательными существительными (грамота) и доменными именами (gramota), пока что как следует не описаны языковедами. Думаем, что сочетания на Сетях.Нет, на Грамоте.Ру, с Вестями.Ру приживутся в русском литературном языке.
В русском языке есть омонимичные союз да (хлеб да соль) и частица да (да, были люди в наше время).
Нет – частица (нет, я не Байрон), но это слово может также употребляться в значении союза (три книги ему принес, нет, ему всё мало) и как предикатив (нет денег).
Что Вы называете йотированными окончаниями в приведенных примерах?
Эти местоимения нельзя считать "окончаниями", однако они употреблены в соответствующем каждому существительному грамматическом роде и числе, при этом определенные закономерности в склонении существительных и местоимений действительно существуют (в современном русском языке эти закономерности легче проследить по полным прилагательным).
Названия букв латинского алфавита (икс, игрек, зет и т. д.), греческого алфавита и других алфавитов склоняются в русском языке. Рекомендация не склонять такие названия в составе формул может быть обусловлена необходимостью точного и однозначного прочтения формулы. Полагаем, что в таких контекстных условиях несклонение возможно (но не обязательно!).