Корректно: Не секрет, что он тогда ходил в магазин. Не секрет — это не вводное слово, а самостоятельное предложение. 

Вы понимаете правильно: между двумя придаточными, соединенными одиночным союзом и, запятая не ставится, даже если подчинительный союз не повторяется (см. пункт 2 параграфа 119 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Корректно: Обе стороны предпочли не раскрывать свои замыслы; Все стороны предпочли не раскрывать свои замыслы. Что касается падежа существительного замыслы, то в этом случае действительно возможен как винительный, так и родительный падеж. Винительный будет указывать на наличие каких-то определенных замыслов.

У русских глаголов две основы — прошедшего и настоящего времени. По формальному соотношению этих двух основ глаголы подразделяются на словоизменительные классы. Например, глагол делать принадлежит к первому классу, в котором между основами наблюдается соотношение «нуль согласной — j»: дела-л — делаj-у. Глагол срать относится к пятому классу с соотношением между основами «гласная — нуль» (сра-л — ср-у), наряду с глаголами врать, рвать, ждать, ткать и некоторыми другими глаголами первого спряжения. Глагол спать — десятого класса, в котором между основами наблюдаются соотношения «и — нуль», «е — нуль», «а — нуль»: крути-л — круч-у, терпе-л — терпл-ю, пища-л — пищ-у, спа-л — спл-ю; все эти глаголы относятся ко второму спряжению, у многих из них в основе настоящего времени возникает чередование согласных. Словоизменительные классы глаголов описаны, в частности, в «Русской грамматике» 1980 г.

Если без такой тавтологии не обойтись, то ее можно хотя бы обыграть. Например: Город Комсомольск-на-Амуре, как нетрудно догадаться, получил такое название потому, что он расположен на берегу реки Амур. 

Предпочтителен вариант с множественным числом сказуемого (см. пункт 2 параграфа 2246 «Русской грамматики» 1980 г.): При заказе на новый адрес могут измениться ассортимент, время доставки и настройки заказа.