Верно и то, и другое, это разные подходы к морфемному разбору. При разборе слова по составу необходимо различать синхронный (т. е. современный) состав и исторический (этимологический) состав. Исторически в словах ненавидеть, негодовать, небрежный  не – приставка (когда-то в языке были слова навидеть, годовать и т. д.). Однако сейчас, в современном русском языке приставка в этих словах уже не выделяется (ведь слитное написание этих слов как раз и обусловлено тем, что без не они не употребляются), не считается частью корня.

Общую рекомендацию дать нельзя. Выбор написания будет предопределяться в каждом конкретном случае контекстом: в одном случае переводная фраза может осмысляться как название, в другом — как толкование значения. В первой приведенной Вами фразе видится возможным двоякое осмысление и, соответственно, написание: Японию часто называют Land of the Rising Sun — Страна восходящего солнца (название) и Японию часто называют Land of the Rising Sun — «страна восходящего солнца» (= что означает...). Во втором примере вводится переводное название, которое оформляется кавычками: американская компания Apple (в переводе — «Яблоко»). 

В этом предложении слово объятиям входит одновременно в два сочинительных ряда: объятиям или другому физическому контакту и объятиям и словам поддержки; при этом сочетания другому физическому контакту и словам поддержки едва ли образуют между собой сочинительный ряд (вряд ли имеется в виду выбор между объятиями, с одной стороны, и «другим физическим контактом» плюс словами — с другой). В этом случае средний элемент перечисления можно оформить как вставку: Объятиям — или другому физическому контакту — и словам поддержки буду рад.

В словарном толковании союза в том числе не указано, что его использование ограничивается исчисляемыми понятиями, сравним также примеры в «Справочнике по пунктуации». Другое дело, что это сочетание в текстах действительно употребляется гораздо шире, чем «дозволяют» словари и справочники. Довольно часто — согласны с Вами — сочетание в том числе (всегда ли оно выполняет функцию союза?) выглядит стилистически неудачным и требует замены на в числе прочего, включая, в частности и т. п. См. также ответы на вопросы 308092, 311098, 313488.

По правилам русского языка, слова в словосочетаниях и предложениях связаны друг с другом, причем в большинстве случаев за счет того, что они меняют свою форму (число, род, падеж и т. д.).

Верно: Ивановой Марине Петровне — исполняющей обязанности начальника (здесь речь идет о согласованном приложении исполняющей обязанности начальника, которое меняет форму в соответствии с формой главного слова).

Верно: и. о. начальника отдела (в этом словосочетании главное слово обязанности требует от зависимого слова начальник формы родительного падежа: исполняющий обязанности — кого? — начальника отдела).

Употребление двух восклицательных знаков правилами пунктуации не предусмотрено. В приведенной Вами фразе достаточно одного знака.

Однако правила не запрещают использовать в целях создания художественной выразительности различные необычные комбинации знаков. Вот пример подобного пунктуационного творчества: Там они расстались, под соснами, на песчаной тропе. Игорь, как мог, остановил мгновение: Александр Александрович!!. чтобы в лицо... но это был уже кто-то совсем другой, хоть и тоже в белой рубашке, но с ракеткой под мышкой: стоял поближе к кустам и озирался направо и налево... (А. Битов).

Возможны варианты. 

Род несклоняемых существительных, обозначающих географические собственные имена (названия городов, рек, озер, островов, гор и т.д.), определяется по грамматическому роду нарицательного существительного, выступающего в роли родового понятия (т.е. по роду слов город, река, озеро и т.д.), например: солнечный Тбилиси (город), широкая Миссисипи (река), полноводное Эри (озеро), труднодоступная Юнгфрау (гора), живописный Капри (остров). Отступления от правила объясняются влиянием аналогии, употреблением слова в другом значении, тенденцией относить к среднему роду иноязычные несклоняемые слова на -о, например Северное Борнео.

Выражение за гранью добра и зла очень распространено в современной речи. Можно предположить, что оно возникло в результате переосмысления выражения на грани чего-либо 'в непосредственной близости к переходу в другое (обычно худшее) состояние'.

Выражение за гранью добра и зла, как правило, выражает отрицательное отношение говорящего к чему-либо, например: этот фильм за гранью добра и зла; сюжет этой передачи просто за гранью добра и зла и т. п. (т. е. не укладывающийся в общепринятые нравственные рамки; перешедший некую моральную грань, отделяющую добро от зла).