Оба варианта допустимы, судя по примечанию к параграфу 50 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: высказывание «Не согласен» можно счесть «подлинным выражением, вставленным в текст в качестве элемента предложения» (приложения к существительному примечание), либо включить в ряд слов типа предложение, выражение, надпись и т. п. См. также ответ на вопрос 311432.

О студентах университета можно сказать «обучающиеся». Употребление слова «учащиеся» также не будет некорректным.
Единого ГОСТа оформления учебных пособий не существует. Правила определяются внутри редакционно-издательского отдела учебного заведения.
 

Это разные случаи. В предложении В этот момент стоит показать ему рекламу суши-баров с текстом: "Устали от итальянской кухни? Попробуйте японскую!"  слоган оформлен как прямая речь, которая заканчивается восклицательным знаком. В таких случаях точка после кавычек не ставится. В предложении Она последовала его команде и остановилась, когда услышала его окрик "Стой!" слова "Стой!" оформлены как член предложения (несогласованное определение), поэтому точка в конце повествовательного предложения ставится. 

Это выражение используется для сравнения роста двух людей. Оно указывает на то, что рост упомянутого человека примерно равен росту говорящего, и синонимично выражениям «его рост таков же, как у меня», «он такого же роста, как я» и т. д.

Вы совершенно правы: управление заменить кого/что на кого/что (вместо заменить кого/что кем/чем) оценивается как норма лишь разговорной речи. Статью непременно исправим! 

Д. Э. Розенталь указывает: если между главной и придаточной частями сложноподчиненного предложения стоит вводное слово, то оно выделяется запятыми на общих основаниях. Согласно этой рекомендации корректно: Закаляться важно, например, чтобы снять стресс.

Однако такое пунктуационное оформление может порождать двусмысленность: здесь акцент на примере (логическое ударение падает на слова снять стресс) или на важности закаливания (логическое ударение падает на слово важно)? Поэтому для выражения второго смысла лучше использовать тире вместо первой запятой: Закаляться важно — например, чтобы снять стресс.

Справочник Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» фиксирует такие варианты:

ПАНИХИДА — 1. о ком. Мы и панихиду о тебе справили. 2. по кому (с существительным или личным местоимением 3-го л.). Весть о панихиде по погибшим морякам дошла до окрестных обитателей (Степ.); Панихида по ним. 3. по ком (с личным местоимением 1—2-го л. мн. ч.). Будут ли служить панихиду по нас?; Панихиды по вас не справят.

Да, это сравнение, и запятые нужны. См. подобные примеры (в которых сравнительный оборот относится к полному прилагательному) в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя: Перстами лёгкими, как сон, моих зениц коснулся он (П.); На самом дне, сухом и жёлтом, как медь, лежали огромные плиты глинистого камня (Т.); Старый мост сломали и на его месте сделали цокольную, прямую, как палка, набережную (Л.Т.); …Пили бабушкины наливки — жёлтую, как золото, тёмную, как дёготь, и зелёную (М.Г.)

Верно с двумя точками: и т. д.

Если мы верно поняли Ваш вопрос, то использование прописной буквы в названиях должностей в данном случае корректно, так как она оформляет первое слово во фразе.