Если Вы имеете в виду часть наименования после тире, то слово филиал следует использовать в том же падеже, что и слово мастерские.
И. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Р. п.: Механических мастерских – филиала федерального государственного казенного учреждения.
Д. п.: Механическим мастерским – филиалу федерального государственного казенного учреждения.
В. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Т. п.: Механическими мастерскими – филиалом федерального государственного казенного учреждения.
П. п.: (О) механических мастерских – филиале федерального государственного казенного учреждения. 

1. После слова туапсинец перед обстоятельством в память об отце запятая не требуется. Если у автора есть намерение сделать это обстоятельство разъясняющим добавочным сообщением, акцентировов слово туапсинец, можно использовать тире: Раритет принес туапсинец — в память об отце, советском моряке. 2. С союзного слова который начинается определительная придаточная часть сложноподчиненного предложения; в данном случае эта часть относится к существительному моряк. В принципе главную и придаточную часть можно разделить точкой, то есть использовать парцелляцию как особый художественный прием, однако далеко не всегда это уместно.

В этом случае между двумя частями предложения нужен знак препинания, потому что они не объединены вопросительной интонацией (то есть случай отличается от приводимых в справочниках примеров типа Где будет собрание и кто его председатель?). Первое из них повествовательное, оно может быть оформлено с помощью знака конца предложения, как иногда и делают, например: Ну сообщат они... И что дальше? Если требуется объединить два простых предложения в одно сложное, рекомендуем поставить между ними тире как знак неожиданного присоединения: Ну сообщат они — и что дальше?

Внутри предложения никакие знаки препинания не нужны, в том числе запятая перед и.

Между подлежащим, выраженным личным местоимением, и сказуемым, выраженным формой именительного падежа существительного, знаки препинания не ставятся. Обратите внимание: дефис – это короткая черточка, которая соединяет части слова, присоединяет одиночное приложение к определяемому слову (по-моему, естественно-научный, шито-крыто, писатель-фантаст); тире – длинная черта, она может ставиться между подлежащим и сказуемым при некоторых условиях, например, когда подлежащее и сказуемое выражены существительными в им. пад. (Москва – столица России).

В сложносочиненном вопросительном предложении с союзом и запятая между частями не ставится.

Конструкция с 150 до 225 единиц является пояснительной по отношению к сочетанию более чем на 41 процент. Пояснительные конструкции выделяются парными знаками — обычно запятыми или тире. Следовательно, возможны такие варианты: 1) Благодаря инструментам бережливого производства предприятию удалось сократить время изготовления продукции более чем на 41 процент, с 150 до 225 единиц, и увеличить выработку на 48 процентов; 2) Благодаря инструментам бережливого производства предприятию удалось сократить время изготовления продукции более чем на 41 процент — с 150 до 225 единиц — и увеличить выработку на 48 процентов.

Это предложение с бессоюзной связью, слова самое главное (или просто главное) здесь не являются вводными.

Вторая часть бессоюзного предложения (ты изменился) поясняет то, о чем говорится в первой части (главное; самое главное). В таких случаях по основному правилу ставится двоеточие, но часто оно заменяется на тире. Поэтому верны оба предложенных Вами варианта пунктуации.

В случае, если в предложении не будет придаточной части (что меня поразило), слова самое главное также могут выступать в роли вводных, и решение о пунктуации в конечном итоге принимает автор текста.

Знаки препинания расставлены верно. Другое дело, что лучше было бы взять обособленное приложение в парное тире, чтобы отграничить обособление приложения и выделение запятыми вводного предложения как ее называли в доме.

Перед нами простое предложение, осложненное обособленным приложением и вводной конструкцией.

Что же касается придаточных частей, то многие из них могут оказаться внутри чего угодно. Например: Дедушка, заслуженный строитель, приехавший в наш город, когда он еще только строился, и многое сделавший для его становления, хотя кое-кто и пытался ему помешать, обычно очень внимательно слушал сообщения о новых стройках.