Нужна запятая и прописная буква: "Операция Ы, или Новые приключения Шурика".
Запятые не нужны.
Точка не нужна.
Запятая не нужна.
Одесский винный завод – реальное собственное имя. Такие наименования не заключаются в кавычки при самостоятельном употреблении, но пишутся в кавычках при употреблении с родовым словом: государственное предприятие «Одесский винный завод». Подробнее см. в «Письмовнике»: Как правильно употреблять кавычки (часть вторая)
Корректным будет выделить этот оборот с двух сторон запятыми.
Корректно с запятой: Нам нужно двигаться в направлении, обратном направлению градиента.
Возможен как один, так и другой вариант — в зависимости от того, что хочет акцентировать говорящий.
Запятая перед соответственно не нужна. Сказуемое лучше поставить в форму множественного числа, а знак % отделить пробелом: Чувствительность и специфичность метода составили 62,5 % и 60,8 % соответственно.
Фонема — это абстрактная единица языка, представленная в речи множеством чередующихся звуков. Например, фонетисты различают звуки, которые передаются буквой р в формах цифра, цифру, цифр. Каждый из этих чуть различающихся звуков — конкретная реализация в речи фонемы <р>.
