В «Морфемно-орфографическом словаре» А. Н. Тихонова, а также в «Словаре морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой в слове закладка выделен корень -клад- (за-клад-к-а). Это результат анализа морфемного состава слова (разбор слова по составу в школьной терминологии).

Также это слово фиксируется в словообразовательных словарях разного объема, включая большой двухтомный «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова. Этот словарь отражает не полный морфемный состав слов, а только их словообразовательные связи и словообразовательные средства, использованные при образовании каждого производного слова; в заголовке (вершине) словарной статьи словообразовательного словаря находится непроизводное слово, далее указываются словообразовательные цепочки, демонстрирующие образование всех слов, входящих в словообразовательное гнездо. В «Словообразовательном словаре русского языка» А. Н. Тихонова показано, что слово закладка образовано с помощью следующей словообразовательной цепочки: класть → за-класть (приставочный способ) → заклад-ыва-ть (суффиксальный способ) → заклад (бессуфиксный способ) → заклад-к-а (суффиксальный способ). В каждом производном слове, входящем в словообразовательное гнездо, выделяются морфемы, с помощью которых оно образовано; полное морфемное членение слов отсутствует. Например, в глаголе закладывать указаны только границы суффикса -ыва-, а граница между приставкой и корнем ― нет. По этой же причине не указана морфемная граница между приставкой за- и корнем -клад- в словах заклад и закладка, хотя эта граница есть.

Возможно, в задании было предложено выполнить словообразовательный, а не морфемный разбор слова закладка. При словообразовательном разборе необходимо установить, от какой производящей основы и с помощью какого словообразовательного средства образовано данное производное слово; полное членение производящей основы на морфемы не производится. В таком случае заклад — это производящая основа, производная — заклад-к-, словообразовательное средство — суффикс -к-(заклад → заклад-к-а). 

Для правильного морфемного и словообразовательного разбора слов надо знать принципы этих типов анализа (разделы «Морфемика» и «Словообразование» в школьной программе). Для проверки следует использовать морфемные и словообразовательные словари. Чтобы понимать, каким образом информация о структуре слова представлена в том или ином словаре, перед использованием словаря необходимо внимательно ознакомиться с теоретическими принципами строения словаря и особенностями структуры словарных статей. 

В орфографии и школьной традиции в слове предлагать выделяется корень с чередованием -лаг- (ср. предложить), соответственно пред- рассматривается как приставка (см., например, здесь). Безусловно, такое членение на современном этапе развития русского языка можно поставить под сомнение, есть основания выделять корень предлаг-. Составители пособия следуют за школьной традицией. 

С проблемами морфемного членения мы сталкиваемся и при разборе слова воплотить. Связь с родственным словом плоть не является очевидной. Однако если иметь в виду, что плоть понимается не только как 'тело живых существ', но и как 'материальное воплощение, проявление в вещественных образах, формах' (см. словарное толкование), то становится понятно, что в слове воплотить выделяется корень -плот-. 

Вы правы, правило часто формулируется так, что под него нельзя подвести слова с двумя приставками типа подызносить. Однако академические правила (то есть наиболее полные, детальные) учитывают данные слова. См. Полный академический справочник под ред. В. В. Лопатина, § 12, п. 2.

Возможно стечение и других (кроме родительного) одинаковых падежных форм, например творительного падежа: «Речь неоднократно прерывалась слушателями аплодисментами» (ср. правильный вариант: Слушатели неоднократно прерывали речь аплодисментами); «Этот вопрос рассматривается выделенной профкомом комиссией» (ср.: Этот вопрос рассматривает выделенная профкомом комиссия); дательного падежа: «Приступили к подготовке к соревнованию» (ср.: Начали подготовку к соревнованию); предложного падежа: «Актуальность вопроса о соглашении о стратегических наступательных вооружениях» (ср.: Актуальность проблемы соглашения о стратегических наступательных вооружениях).

Урень (город) - мужского рода. См.: Е. А. Левашов. Географические названия. СПб., 2000.

Спасибо, что заметили разночтения в ответах! Запятая не ставится в обоих случаях (правда, на разных основаниях).

С точки зрения правописания такое рассуждение верно (т. е. оно помогает написать слово правильно), со строгой грамматической точки зрения к этому рассуждению могут быть вопросы.

Оба варианта верны.

Кроме грифов указанных инстанций, другой информации на титульном листе "Свода" нет.