ДНК – существительное женского рода (по стержневому слову кислота). Верно: была найдена ДНК.
Причастие относится к слову времени (времени какого? — проведенного). Поэтому верен первый вариант.
Водоросли - саргассовые. Думаем, что это прилагательное применимо и к слову воды.
Слово интронизация восходит к греческому источнику enthronismos, родственно слову трон (греч. thronos).
К какому именно слову в составе высказывания нужно подобрать синоним или перифразу?
См. в учебнике Е. И. Литневской в разделе Глагол главу Род. Число.
Нет, такая формулировка некорректна: четверть века не может относиться к слову день.
Действительно, в этих случаях к слову когда невозможно задать вопрос, это союз.
Род определяется по слову шоссе, слово относится к среднему роду: шоссе-магистраль пересекло...