Если речь идет о названиях заведений, то в этом случае любое из упомянутых словосочетаний выступает в качестве имени собственного. У имен собственных, как известно, особое смысловое назначение и особые функции в языке. Есть ли какие-либо основания говорить о прямом или переносном значении существительных лебедь или кот, если они отнесены к заведению?

Читайте словари внимательнее! Перед формой множественного числа ставится помета мн.

Названные Вами слова могут иметь формы множественного числа. Формального ограничения в данном случае нет, есть только смысловое ограничение: такие формы должны обозначать множества предметов и явлений действительности, например: разнообразные сервисы, гнойные инфекции (т. е. разные виды инфекции), сигнализации иностранных производителей и т. д.

Род пришельцев нужно писать со строчной буквы аналогично названиям народностей (ср.: эвенки, коми, буряты), так же нужно писать и глагол. Непривычное значение не является основанием для написания слова с заглавной буквы. При этом существительное от глагола ваять может записываться со строчной, но возможно написание и с заглавной, если ему приписывается особо высокий смысл. 

Корректно со строчной буквы. Что касается буквы ё, то согласно действующим правилам орфографии в текстах обычного характера она употребляется выборочно. Рекомендуется употреблять ее в  собственных именах – фамилиях, географических названиях, напр.: Конёнков, Неёлова, Катрин Денёв, Шрёдингер, Дежнёв, Кошелёв, Чебышёв, Вёшенская, Олёкма. Ваш случай относится именно к таким: рекомендуется, но не является обязательным. 

Правил постановки ударений в именах собственных не существует. Ударение в географических названиях, а также в именах и фамилиях известных исторических лиц проверяется по словарям и справочникам. Ударение в прочих именах и фамилиях уточняется у носителя фамилии. В документах (паспорте и т. п.) ударение не фиксируется, поэтому носителем "истины в последней инстанции" является владелец фамилии.

Вы имеете в виду выделение запятыми (не кавычками)?

Названные Вами обороты по рекомендациям справочных пособий обособляются факультативно, но фактически (на практике) они обособляются в большинстве случаев. Думаем, целесообразно оставить этот вопрос на усмотрение авторов текстов. В ряде случаев и отсутствие запятой может затруднить восприятие текста читателем, поэтому вызывает сомнения жизнеспособность этого внутреннего правила издания.

Согласно «Большому толковому словарю русского языка» под редакцией С. А. Кузнецова возможны оба варианта: ехать на машине и ехать в машине. Однако Д. Э. Розенталь при выборе предлога дает следующие рекомендации: предлог на обычно употребляется при названиях средств передвижения: ехать на машине, а употребление предлога в предполагает нахождение внутри предмета: сидел в машине.

Вопросительный и восклицательный знаки, а также многоточие ставятся перед закрывающими кавычками, а точка после них. Правильно так:

Он сказал: "Будет сделано".
Он спросил: "Будет ли сделано?"
Он воскликнул: "Будет сделано!"

Если вопросительный, восклицательный знаки или многоточие относятся ко всему предложению вместе со словами, заключенными в кавычки, то названные знаки ставятся после закрывающих кавычек: А он сказал: "Будет сделано"?