Правильно: управляющий фондом.
Правильно: региональный управляющий филиалом. См. также ответ на вопрос № 243193.
Правильно: заведующий сектором ХХХ. После названия должности заведующий (равно как и управляющий) существительное ставится в творительном падеже. Это объясняется тем, что существительное заведующий возникло путем субстантивации (перехода слов из одной части речи в другую), оно произошло из причастия (человек, заведующий чем?) и, став существительным, обозначающим должность, сохранило свое управление.
Корректнее: управляющая. Но: назначить управляющим филиала Иванову.
Правильный второй вариант.
Правильно: управляющий филиалом.
Здесь запятая не требуется.
Верно: управляющий чем?
Если подлежащие относятся к одному грамматическому роду, сказуемое ставится в единственном числе.
Верен первый вариант.