Первая часть неизменяема: генерал-лейтенанта и т. д.
В словарях русского языка, размещенных на нашем портале, представлены все образцы склонения слова чек-лист.
Море слёз — метафора. Метафора — это переносное значение слова или выражения на основе сходства, ассоциации. В данном случае слово море употреблено в переносном значении для обозначения большого количества слёз. Однако, учитывая, что подразумевается преувеличение количества, можно говорить о наличии у этой метафоры черт гиперболы. Но основным в данном выражении остаётся метафорический перенос.
Рекомендуемый вариант: на реке Пра (хотя на реке Оке). Поскольку наименование не относится к числу широкоизвестных, из сочетания на реке Пре нелегко вывести его начальную форму.
Это склоняемое слово, правильно: из Кот-д’Ора.
В приведенных Вами примерах название города может согласовываться с родовым словом, а может и оставаться в начальной форме.
См. «Письмовник».
Большая советская энциклопедия фиксирует 2 варианта названия на русском языке: море Скоша (на первом месте) и море Скотия.