Верная пунктуация: Однако спустя некоторое время появилось новое пожелание Заказчика внести изменение в структуру кварталов, связанное с пожеланием отказаться от двух подземных уровней и выполнить парковку в виде частично надземного стилобата. Для постановки запятой после время нет оснований, так как спустя некоторое время — это не деепричастный оборот. Запятая после слова кварталов отделяет последующий причастный оборот.
Предлагаем такой вариант: Подумали — цыпленок, а оказался — коршун.
Оба варианта корректны.
Дополнительный знак препинания не ставится.
Словообразовательная система позволяет образовать слово при помощи обоих суффиксов (более того, могут быть использованы и другие способы). Но в речи закрепляется, как правило, только один из вариантов.
Современная норма: ни у кого недоставало духу. Глагол пишется с не слитно в значении 'иметься в недостаточном количестве, не хватать'. Такова рекомендация академического «Русского орфографического словаря». Она основана на правиле: слово пишется с не слитно, если часть слова без не в самостоятельном употреблении имеет другое, не связанное с данным словом значение (ср.: небывалый случай, невероятное событие, невозможный характер, невольная ложь, негодный мальчишка, немедленный отклик, непосредственная реакция).
Сомнения пишущих в выборе написания глаголов недостать, недоставать связана с тем, что в разговорной речи эти глаголы еще могут использоваться в значении 'оказаться (оказываться) достаточным для чего-нибудь, вполне хватит'. Такое значение отмечается в толковых словарях, однако оно находится на периферии литературного языка. Приведем примеры из словарей: Сил у нас достанет; Знаний у него достанет; Все было бы спасено, если б у моего коня достало сил еще на десять минут; Я надеюсь, что у тебя достанет присутствия духа выслушать меня хладнокровно. Фиксируя значение 'вполне хватит' у глаголов достать, доставать, многие толковые словари включают словарную статью «Недостать» или «Недоставать».
Использование кавычек факультативно.
Сочетание чувствую запах общеупотребительное и стилистически нейтральное, слышу запах – разговорное.
Оба варианта, с краткой и полной формой, верны. Вариант с краткой формой можно найти, например, в романе "Чудесное око" Александра Беляева, опубликованном в 1935 году. То есть это вовсе не новшество.