Так можно писать и говорить. Сочетание чистая душа зафиксировано в словарях русского языка, оборот с чистой душой употребляли М. А. Булгаков, Ф. В. Гладков, Л. М. Леонов, В. Г. Распутин, Б. Л. Васильев и другие писатели. Например: Тяжелая, недобрая ночь ― в такую ночь маются и с чистой душой, а у нее, у Настены, истерзанная, беспутная душа надорвалась и только ноет, ноет, жалуясь и плача без капли надежды. В. Распутин, Живи и помни. Они за работу-то с молитвой принимались, с чистой душой. Ф. Гладков, Повесть о детстве.
В первом предложении запятая не ставится: оборот с союзом как имеет значение приравнивания и отождествления.
Во втором предложении запятая не ставится: как употребляется в значении "в качестве".
В третьем случае запятые перед как и после командира нужны: приложение с союзом как имеет дополнительное значение причины.
Правильно: врио.
При подлежащем, выраженном сложным существительным, первую часть которого образует числительное пол- (полчаса, полгода и т. п.), сказуемое обычно ставится в форме единственного числа, а в прошедшем времени – в среднем роде, например: полчаса пройдет незаметно, полгорода участвовало в демонстрации; Полголовы уже осталось (Чехов). Но если при этих словах имеется определение в форме именительного падежа множественного числа, то и сказуемое ставится во множественном числе, например: Первые полчаса прошли незаметно; Остальные полдома уцелели от пожара.
Таким образом, верно: Полкласса получило пятерки. В составе слова пол- – это корень.
Это слова из поэмы Н. В. Гоголя «Мертвые души»:
«Какой веселенький ситец!» воскликнула во всех отношениях приятная дама, глядя на платье просто приятной дамы.
«Да, очень веселенький. Прасковья Федоровна, однако же, находит, что лучше, если бы клеточки были помельче и чтобы не коричневые были крапинки, а голубые. Сестре ее прислали материйку: это такое очарованье, которого, просто, нельзя выразить словами; вообразите себе: полосочки узенькие, узенькие, какие только может представить воображение человеческое, фон голубой и через полоску всё глазки и лапки, глазки и лапки, глазки и лапки... Словом, бесподобно! Можно сказать решительно, что ничего еще не было подобного на свете».
«Милая, это пестро».
«Ах, нет, не пестро!»
«Ах, пестро!»
Как устойчивый оборот слова глазки и лапки могут употребляться для обозначения ситуации, когда кто-либо умиляется, восторгается чем-либо (что, возможно, и не заслуживает подобного восторженного отношения), когда чьи-либо слова являются пустыми, бессодержательными.