Правилен первый вариант. Обе части употребляются как самостоятельные существительные, вторая часть склоняется. Такие сочетания по правилу пишутся через дефис. 

Название в кавычках при родовом слове не склоняется: ученица школы «Интеграция».

Согласно правилам координации, здесь вместо дефиса нужно поставить тире, так как приложение состоит более чем из одного слова: организация — держатель подлинников.

Слово доктор обозначает и врача, и ученого, в чем можно убедиться, если обратиться к толковым словарям русского языка (в частности, к словарям, размещенным на нашем портале). 

Если сказуемое выражено глаголом в форме прошедшего времени, а подлежащее отсутствует, то предложение следует квалифицировать как неполное двусоставное.

Правилен первый вариант. 

В подобных случаях рекомендуется сочетать круглые скобки с квадратными (см. примечание к параграфу 100 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Численность N-й области составляет 1500 тысяч человек [по данным Федеральной службы государственной статистики (далее — Росстат)].

Исследователи полагают, что, записывая количественное числительное цифрой с буквенным наращением, авторы стремятся помочь адресату в правильном прочтении падежной формы. Это небезосновательно: склонение количественных числительных в русском языке не имеет единого образца и представлено несколькими типами. Как показывают наблюдения, такие нерегламентированные способы записи числительных встречаются не только в современных, но и в более ранних текстах. «Бороться» с подобным нарушением графической нормы можно, пожалуй, только личным примером.

Профи́т — старое заимствование из французского языка, многие толковые словари характеризуют его как устаревшее, иллюстрируя цитатой из комедии А. Н. Островского «Трудовой хлеб»: [Чепурин:] Я только удивляюсь на вас: как это вы, при всей вашей учености, — всякие вы языки знаете, — и никакого себе профиту не имеете. Нормативные словари — и толковые, и орфоэпические, и орфографические — ставят ударение на последний слог (в этом легко убедиться, обратившись к словарям нашего портала). По-видимому, слово профит недавно было заимствовано вновь, но уже из английского языка, отсюда и иное ударение. Вот показательный пример из акцентологического подкорпуса Национального корпуса русского языка: 

Ру́сский, в про́шлый ве́к, сперва́
Бра́л с францу́зского слова́,
А́ тепе́рь англи́йский сти́ль
Ру́сский ста́л сдава́ть в ути́ль.
О́фис ― хо́ть была́ конто́ра,
Про́фит ― вы́года, без спо́ра,
Ма́ркет ― ры́нок, господа́,
И́ марке́тинг же́ сюда́.
[irina1934. Русский, в прошлый век, сперва (2010)]

В деловом тексте стремятся к максимальной точности. Этим объясняется и требование указывать тип населенного пункта. Существуют и шаблоны, которыми руководствуются при оформлении документов. Как представляется, некоторые из образцов допускают вариантные записи названия города.