1. Действительно, повторения двоеточий в одном предложении следует избегать, и если в предложении возникает необходимость в постановке двух двоеточий, то одно из них заменяют тире. Такая замена допустима правилами — см., например, примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Добавим, что в данном случае вполне возможно разделить одно предложение на два: Мария слышит, что её вопросы даже звучат глупо. Она прекрасно знает брата: тот никогда бы не опустился до лжи, если бы не крайние обстоятельства.

2. Тире здесь, как и в предыдущем примере, допустимо, но двоеточие предпочтительно. Кроме того, возможна постановка запятой, потому что слово ведь в таком контексте может рассматриваться не только как частица, но и как союз. Если оставлять тире, то перед ним нужно убрать запятую: в этом случае для ее постановки нет оснований.

Итак, автор лаконичен и в состав подлежащего включил только наименование произведения искусства. Констатируем: предложение в таком виде — неполное с лексической точки зрения, что свойственно разговорной речи, но не выверенному, продуманному тексту, не отступающему от норм литературного языка. Закономерное следствие лексической лаконичности — грамматическая «свобода», или неурегулированность, варьирование форм. Если лаконичный вариант подлежащего автор находит приемлемым и понятным, то форму рода сказуемого ему придется выбирать самому (см. также ответ на вопрос 313695).

Роль как сверток - мужского рода.

Правильно: зам. начальника и замначальника.

Особого правила для написания названий тюрем нет, поэтому нужно руководствоваться общими правилами употребления кавычек (см. «Письмовник»).

Названия тюрем можно разделить на две группы: реальные собственные наименования, которые следует писать без кавычек, и условные наименования, которые в кавычки заключать нужно. К первой группе относятся названия типа Владимирский централ, Акатуйская каторжная тюрьма, Лефортовская тюрьма (в них родовое слово стоит после названия, выраженного прилагательным) и иностранные Бастилия, Гуантанамо, Синг-Синг (они тоже воспринимаются как прямые собственные наименования). Все остальные образуют группу условных названий. Это хорошо знакомые топонимы Таганка, Бутырка, Лефортово, Матросская Тишина и нарицательное существительное кресты, сочетание белый лебедь.

Мы предполагаем, что Вы имели в виду случай вроде река Енисей, когда название реки мужского рода. Выбор местоимения зависит от того, с родовым словом употребляется название реки или без него. С родовым словом верно: Мы вышли на реку Енисей. На ее берегах... Без родового слова верно: Мы вышли на Енисей. На его берегах...

С точки зрения русского языка корректны оба варианта: и с предлогом в, и со словами на территории. Предпочтительного нет, выбор за автором текста.

Да, это так. «Русский орфографический словарь» РАН указывает, что графические сокращения ч., мин., сек. и с. пишутся с точками, а такие сокращения, как км/ч, км/с, м/с и т. п., – без точек. «Справочник издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой поясняет: не ставится точка при графическом обозначении  сокращения косой чертой (чтобы не показывать графически сокращение дважды).

При написании цифрами требуется управление, так же как и при написании словами: доступен более чем на 1000 языков.

Ваш спор связан с тем, что данная ситуация в правилах не описана, здесь можно применить разные правила и получить разный пунктуационный результат. Мы рекомендуем оборот с как, относящийся к личному местоимению, обособлять, потому что правило об обособлении определений при личных местоимениях «сильное», из него нет исключений.