В русском языке есть омонимичные союз да (хлеб да соль) и частица да (да, были люди в наше время).
Нет – частица (нет, я не Байрон), но это слово может также употребляться в значении союза (три книги ему принес, нет, ему всё мало) и как предикатив (нет денег).
В первом случае прилагательное относится к существительному мужского рода (журнал), во втором случае – к существительному женского рода (книга). При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще ставится в форме именительного падежа множественного числа. Но и вариант три новых книги возможен.
От доски до доски – от начала до конца; целиком. Выражение связано с переплетным делом. Старинные рукописные книги для сохранности покрывали деревянными переплетами, которые обтягивались кожей или дорогой материей. Поэтому первоначальный смысл оборота прочесть от доски до доски – прочесть от первой страницы до последней. Ср.: от корки до корки.
Вы не указали год выхода книги, но это может быть или старая книга, или репринтное издание, воспроизводящее старое написание. Дело в том, что до утверждения в 1956 году «Правил русской орфографии и пунктуации» такие наречия, как по-видимому, по-прежнему, могли писаться слитно. Современная орфографическая норма требует только дефисного написания.
Составные сказуемые не являются словосочетаниями по той простой причине, что в них невозможно определить, какой компонент является главным и какой — зависимым. П. А. Лекант, автор известной книги «Типы и формы сказуемого в русском языке», писал, что связь в составных сказуемых двунаправленная: в формальном отношении господствует вспомогательный компонент, а в смысловом — присвязочный компонент.
По современным правилам запятая не нужна, определительный оборот, стоящий перед определяемым существительным, не отделяется запятой от определяемого слова: …лучи внезапного, ослепляющего, как будто насквозь пронизывающего света, который вдруг зажигает… Судя по всему, в издании книги Д. С. Мережковского «Л. Толстой и Достоевский», откуда взята цитата, сохранена пунктуация, характерная для текстов рубежа XIX и ХХ веков.
По правилам слова да и нет, выражающие утверждение и отрицание, отделяются или выделяются запятыми. Оснований для отсутствия запятой в приведенном Вами контексте нет, запятую следовало бы поставить.
Между наименованием главы и рубрикой ставится точка. Корректно:
Глава 1. Восприятие совершенства
Часть первая
Не обособляются деепричастия, которые являются обстоятельствами образа действия, напр.: Поезд шёл не останавливаясь («безостановочно»); Она говорила об этом улыбаясь («говорила с улыбкой»). В Вашем предложении-заголовке деепричастие не обозначает образ действия, оно указывает пусть и на парадоксальное по смыслу, но все же действие: хотя я ухожу, но при этом остаюсь. Так что запятую нужно поставить.
Написание местоимения Вы с прописной при вежливом обращении к одному лицу уместно в письмах, в различных документах официально-делового стиля (заявлениях, служебных записках и пр.), но не в художественной литературе.