Привести здесь все правила, определяющие порядок слов в предложении, невозможно. Предложение о детском саде построено неудачно, так как сочетание после капитального ремонта можно отнести к слову воспитанники. Проблема снимается, если это сочетание переставить: Детский сад «Ромашка» возобновляет работу после капитального ремонта и принимает воспитанников или После капитального ремонта детский сад «Ромашка» возобновляет работу и принимает воспитанников. Выбор зависит от контекста.

В бюрократическом языке, помимо модели министерство чего, давно сложилась и модель министерство по чему, хотя и более новая. Поэтому в разных регионах можно обнаружить как министерство туризма (Хабаровский край, Сахалинская область и др.), так и (реже) министерство по туризму (Пермский край, Республика Дагестан и др.). Конечно, было бы неплохо привести такие номинации к единообразию, однако это за пределами нашей компетенции.  

Вы правы, разные падежи используются в утвердительной и отрицательной конструкции (с некоторыми глаголами).

Варианты равноценны.

Да, требуется склонение, в том числе и при употреблении названия в функции приложения.

Правильно: за границей, за рубежом.

Если принять во внимание внутреннюю форму слов, то рассуждать можно так: назвать (образовано от глагола звать) предполагает именование, тогда как глагол обозначить (восходит к слову знак) указывает на то, что нечто может выступать в качестве знака.

Приблизительное число языков, существующих сейчас в мире, составляет 3 000 (некоторые лингвисты называют число 2,5 тысячи, некоторые говорят о 4 тысячах). Точное число указать не представляется возможным (хотя такие попытки делались, называлось число 2796 языков), потому что граница между языками нередко очень условна и иногда трудно определить, что можно назвать собственно языком, а что диалектом языка.

Запятая не требуется, но может ставиться факультативно по условиям контекста (для проведения дополнительных "границ" между оборотом и последующей и предшествующей частью предложения).