Вы приписываете семантике современного слова полное совпадение с первоначальным значением его исторического корня. Этимологически слова оскорблять и оскорбление действительно восходят к праславянскому скорбь, родственному, в частности, и слову ущерб. Однако на протяжении тясячелетий слова могут сужать либо расширять свои значения, порою и вовсе утрачивая связь с этимоном.

Для того чтобы посчитать количество слов, нужно определить "границы" языка, ведь кроме литературной (фиксируемой словарями) лексики существют: диалекты, жаргоны, авторские (окказиональные) слова, и, наконец, такие слова, которые говорящие образуют по регулярным словообразовательным моделям (например: пятидесятидвухкилометровый). Так что более-менее объективно "считать" слова можно только по словникам словарей литературного языка.

Однокоренные слова – имеющие в современном русском языке один и тот же корень. Например: приют и приютить. Родственные слова – слова, которые имеют одинаковое происхождение, восходят исторически к одному и тому же древнему (общеславянскому или даже индоевропейскому) корню, но в современном русском языке однокоренными уже не являются, например: приют и уют.

В русском языке аббревиатуры и несклоняемые существительные иноязычного происхождения (не обозначающие живых существ, то есть неодушевленные, ср. слова на -и: сулугуни, салями, кольраби, цукини) обычно приобретают те родовые признаки, какими обладают опорные слова. В случае с аббревиатурами эта закономерность проявляет себя наиболее последовательно. Нагляден пример аббревиатур, образованных на базе сочетаний со словом институт (НИИ, МАИ, ИАИ и т. д.), центр (НЦБИ — научный центр биологической информации): они употребляются как существительные мужского рода. Иноязычные аббревиатуры не исключение: Би-би-си — существительное женского рода (по слову корпорация); у существительного среднего рода ЦРУ есть опора в виде существительного управление; существительное мужского рода сиди (от СD) наследует грамматические признаки слова диск. В печатных изданиях можно встретить обороты типа базовый / функциональный / мощный / удобный API. Они свидетельствуют о том, что иноязычная аббревиатура API (с опорой в виде слова интерфейс; от англ. Application programming interface) согласуется с прилагательными по образцу существительного мужского рода. Вместе с тем констатируем: в текстах запечатлены и сочетания, в которых аббревиатура API предстает как существительное среднего рода; ср. мощное и удобное API.

При анализе морфемной структуры слов в современном русском языке слова сторона и пространство считаются однокоренными, в последнем выделяется приставка про- (см. «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).

При синхроническом словообразовательном анализе слова сторона и пространство описываются как непроизводные, каждое из них является вершиной своего собственного словообразовательного гнезда (см. «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова). Это связано с тем, что словообразовательный анализ современного языка ставит целью описать отношения производности на основе живых семантических связей между словами. Его основная задача — выявить производные и производящие основы и определить словообразовательные средства, при помощи которых образованы производные слова. Эта задача частично связана с членением на морфемы, но центральным понятием является основа, а не корень. Непроизводные словообразовательные основы часто оказываются членимыми, это членение является краеугольным камнем правил русской орфографии и описания морфологических особенностей слова.

Синхроническое же словообразование позволяет глубже вникнуть в строение и изменчивость лексических значений слов.

Поэтому оба типа анализа вполне обоснованы, выбор одного из них зависит от конкретных учебных и научных задач.

Вы правы, изменение написания слова связано с утверждением в 1956 году новых правил правописания. Что касается значений, то многие связанные с техникой слова сегодня употребляются несколько иначе, чем в 30-е годы прошлого столетия. Можно обратиться хотя бы к истории слова самокат (в словаре Д. Н. Ушакова этим словом назван велосипед).

Морфемный состав слова чернила разные специалисты определяют по-разному. Мы склоняемся к тому, чтобы выделять в этом слове корень черн-: черн-и-л-а. Такой вариант членения этого слова предложен в «Словаре морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Ф. Ефремовой. В таком случае можно проверить правописание этого слова однокоренным прилагательным черный.