Предложение построено некорректно: присоединительный союз в том числе употребляется для присоединения слов, использующихся для обозначения чего-либо, на что распространяется сказанное в предыдущей части. Он синонимичен слову включая, и замена на синоним проявляет некорректность фразы: *Для меня арка, включая, — символ архитектуры вообще. Лучше использовать те выражения, которыми Вы объясняли задуманный смысл: Для меня арка, кроме прочего, — символ архитектуры вообще.

С точки зрения грамматики все просто: вторая часть таких названий, представляющая собой склоняемое нарицательное существительное, должна склоняться. Это привычно для слуха.

А вот написание с пробелом действительно воспринимается плохо на фоне привычных аббревиатур и составных слов с первой неизменяемой частью - приложением. И если "АКБ Банк" можно превратить в банк "АКБ", то с названием "Газпром нефть" такая трансформация не получается (и хочется ожидать слитного написания).

Запятая нужна. Здесь действует правило о знаках препинания в сложноподчиненном предложении. Подробнее эта ситуация описана в справочниках Д. Э. Розенталя:

В составе сложноподчиненного предложения может быть неполное предложение — в главной части или придаточной:

1) неполное в главной части: Вот уже два года, как мы женаты...;

2) неполное или близкое к неполному в придаточной части: ...Делайте всё, что нужно; Поставьте, как вам удобно; Сообщите, кому следует...

«Большой универсальный словарь русского языка» под ред. В. В. Морковкина указывает, что слова добрый день употребляются «в качестве приветствия при встрече в дневное время, реже утром или вечером». Так что запрета говорить Добрый день утром или вечером нет, хотя куда естественнее говорить утром Доброе утро, а вечером Добрый вечер. А вот в ночное время слова Добрый день будут звучать совсем странно.

Частица себе, судя по примеру Идёт себе посматривает (Д. Э. Розенталь. Справочник по русскому языку. Пунктуация. Примечание 1 к параграфу 9.1), не нарушает смыслового единства глаголов. Вероятно, то же самое можно сказать и о слове такой, роль которого близка к роли частицы, в предложении Иду такой курю. А вот местоимение никого, выполняющее функцию дополнения, в примере Иду, никого не трогаю, как представляется, нарушает это единство.

Указание на то, что букву ё необходимо писать в случаях, "когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова", можно трактовать двояко: 1) букву ё необходимо писать во всех случаях употребления местоимения всё в отличие от все; 2) букву ё необходимо писать лишь в тех случаях, когда значение слова может быть непонятно из контекста. Разные лингвисты могут придерживаться одной из этих трактовок. 

Нет, это не полные синонимы. Несклоняемые слова – не имеющие форм склонения, не изменяющиеся по падежам. Несклоняемыми могут быть существительные, прилагательные. Неизменяемые слова – слова разных частей речи, не имеющие форм словоизменения. Например, существительное пальто мы можем назвать и несклоняемым, и неизменяемым. А вот предлоги, союзы, частицы, междометия мы можем назвать только неизменяемыми словами, но не можем назвать их несклоняемыми (т. к. не бывает склоняемых предлогов, союзов, частиц, междометий).