Условные названия трасс заключаются в кавычки: трасса "Дон", автодорога "Холмогоры" и т. д. В остальных случаях кавычки не нужны: трасса Волгоград – Астрахань.
В сочетании со словом станция названия обычно не склоняются (кроме тех случаев, когда они выражены прилагательными): охранял железнодорожную станцию Усть-Луга Ленинградской области.
Да, перед союзом или ставится запятая, а первое слово второго названия пишется с прописной буквы. Правильно: «Второе дыхание, или Как освежить ресторан».
В официальной речи предпочтительно употребление такого названия с родовым словом. В этом случае оно склоняться не будет: связаться с компанией «Тюмень Водоканал».
Названия учреждений следует писать с маленькой буквы во всех перечисленных случаях. Варианты во второй школе, в тридцатой поликлинике встречаются в разговорной речи.
Да, Год как первое слово названий календарных периодов, объявленных знаменательными в каком-либо отношении, пишется с большой буквы: Год российского кино, Год экологии.
Правильно написание строчными: генеральный директор – председатель директората. С прописной буквы пишутся только названия высших государственных должностей (и лишь в текстах официальных документов).
Топоним склоняется. Правильно: в Сколкове и в Сколково, но: в деревне Сколково. Подробно о склонении географических названий см. в «Письмовнике».
Правильно: в лице директора Ивановой Ирины Михайловны, действующего... В письменной деловой речи принята норма согласования с названием должности – директор (безотносительно к полу).
Здесь верно написание строчными. С прописной буквы пишется первое слово в официальном названии, напр.: Пенсионный фонд Российской Федерации, Негосударственный пенсионный фонд «Газфонд».