Заглавная и прописная буква – это одна и та же буква (большая). Маленькая буква – строчная.

Обычно в начале документов пишется: далее – «Заказчик», далее – «Подрядчик», далее – «Договор». После этого указанные слова в тексте пишутся уже без кавычек и с большой буквы.

Если 5 мл — это характеристика флакона (его объем), то нужно изменить порядок слов, поставив сочетание 5 мл непосредственно после существительного флакон (это позиция несогласованного определения). Указание на количество предметов уместно отделить тире: Флакон 5 мл — 5 шт.

Результат действительно не имеет протяженности во времени, но он может возникнуть либо не возникнуть. Первое значение прилагательного мгновенный — «возникающий, совершающийся в одно мгновение». Мгновенный результат какого-либо действия — это результат, который возникает сразу после этого действия.

Действительно, обсценные корни являются исконно славянскими, они есть во всех славянских языках, обнаружены в берестяных грамотах, найденных в Старой Руссе и Великом Новгороде. Миф о тюркском происхождении матерной лексики, увы, распространен, но не имеет под собой никакой научной основы.

Буква ъ может писаться при передаче иноязычных собственных имен после букв, обозначающих парные твердые согласные, перед я, е, ё, ю и даже и. См. § 27 в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Вопрос Как по-вашему? представляет собой цельное сочетание, способное выступать в роли вводного, например: Как по-вашему, это нормально? В ответной реплике по-нашему — вводное слово, тире после него показывает неполноту предложения, пропуск подлежащего: По-нашему — смышлён (сравним: По-нашему, он смышлён).

В образцовом литературном языке верно: в Кемерове, в Шереметьеве, в Ленине. В непринужденной устной речи названия допустимо не склонять. Разница между этими названиями и названиями типа Осло, Торонто в том, что Осло и Торонто – названия иноязычные (и они не склоняются), а Кемерово,  Шереметьево, Ленино – названия с нашими исконными, славянскими финалями.

Вы правы, точка ставится.

1. Здесь нужно написать так, как в самом документе - проекте (проект Протокола или проект протокола).

2. Практика ставить точку перед закрывающими кавычками в таких конструкциях в документах существует. Однако все справочники по правописанию рекомендуют ставить точку всегда после закрывающих кавычек.

После последнего однородного члена предложения, присоединяемого противительным или подчинительным союзом и не заканчивающего собой предложения, запятая не ставится, т. е. он не обособляется: Однако именно слово, а не звук, не морфему и не предложение мы воспринимаем как центральную единицу языка.