Названия букв в русском языке – имена существительные среднего рода (кроме названий твердый знак, мягкий знак). Поэтому: конечное е, прописное Е.

В тексте на русском языке иностранные наименования обычно не заключают в кавычки. Употребление строчных или прописных букв должно соответствовать оригиналу.

Словарной фиксации нет. В заимствованных словах после букв, передающих твердый согласный звук, для обозначения звука [э] рекомендуется писать букву е.

Да, такое написание корректно. Слитные написания со следующей после начальной части слова группой прописных букв не подлежат замене дефисными написаниями.

1. «Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 года – это официально действующие в настоящее время правила русского правописания. Официально действующие – но в ряде случаев значительно отстающие от современной практики письма, противоречащие ей, – такой вот парадокс. Написание с прописной буквы слова Бог не соответствует этим правилам, но в той же степени не соответствует им, например, написание с прописной слова Республика в сочетании Французская Республика, ибо согласно правилам 1956 г. слово республика пишется с прописной только «в официальных названиях советских республик и стран народной демократии». Раздел «Прописные буквы» в этом своде правил – пожалуй, наиболее устаревшая часть. В современных словарях и справочниках (некоторые из них приведены в пункте 2) рекомендации свода 1956 года пересмотрены, правила употребления прописных букв сформулированы заново, сейчас следует руководствоваться именно этими правилами.

2. См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2007; В. В. Лопатин, И. В. Нечаева, Л. К. Чельцова. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2007;  Мильчин А. Э., Чельцова Л. К. Справочник издателя и автора. М., 2003.

3. В политеистических религиях, действительно, существуют тысячи богов, поэтому, если речь идет об одном из верховных существ в политеистических религиях,  бог – нарицательное существительное (и пишется со строчной). Однако монотеистические религии основаны как раз на том принципе, что существует только один бог, поэтому в значении 'единое верховное существо в монотеистических религиях' слово Бог сближается с именем собственным, на этом и основана рекомендация писать это слово с прописной.

4. См. пункт 2. В этих изданиях употребляется именно слово «рекомендуется» (поэтому и мы так пишем). По поводу того, как оценивается написание бог / Бог в школьных сочинениях и диктантах, ничего не можем сказать (не знаем); вероятно, правильнее всего было бы не считать ошибкой ни то, ни другое написание, но рассказать ученикам о данной орфографической проблеме, о том, как она решается сейчас, какие рекомендации приведены в современных справочниках по правописанию.

Слово граффити употребляется как существительное pluralia tantum (имеющее формы только мн. числа, ср. ножницы, брюки). Поэтому согласовать в единственном числе не получится.

Да, некоторые собственные имена (в том числе географические названия, личные имена и фамилии и проч.) могут писаться с сочетанями букв ЖЫ, ШЫ.

В официальной письменной речи принято все эти слова писать с прописных букв: Государственная Дума, Совет Федерации. Почему именно так - вопрос традиции.

Нормативно произношение [оэрви], оно зафиксировано словарями. Эта аббревиатура относится к таким, которые читаются частично «по слогам», частично – по названиям букв, ср.: ГИБДД [ги-бэ-дэ-дэ].