В русском литературном языке существуют соотносительные пары предлогов в — из и на — с: в городе — из города, на улице — с улицы. С существительным министерство сочетается предлог в (верно в министерстве, а не «на министерстве») — соответственно, верно из министерства.

На согласование по среднему роду влияет внешний облик этого слова (оно несклоняемое, оканчивается на гласный, ср.: «Динамо» забило, «Торпедо» вылетело). Да и с родовой принадлежностью названия города тоже не всё однозначно: словарь Е. А. Левашова «Географические названия» указывает, что название города Тосно может употребляться как существительное мужского и среднего рода, а «Грамматический словарь русского языка» А. А. Зализняка фиксирует Тосно как существительное только среднего рода.

Таким образом, можно говорить о допустимости согласования и по мужскому роду (влияние родовых слов город, футбольный клуб), и по среднему роду (влияние внешнего фонетического облика названия).

В названиях городских округов закреплен именно такой порядок слов – городской округ такой-то. Это связано с необходимостью унифицировать наименования, ср.: городской округ Долгопрудный, городской округ Домодедово, городской округ город Дзержинск, но при этом: Сибирский федеральный округ, Нижегородская область.

Название должности (начальник РОВД) и звания (полковник милиции) являются неоднородными приложениями и не разделяются запятой, если стоят перед фамилией: начальник РОВД полковник милиции Иванов А. А. Однако в положении после определяемого слова эти приложения становятся однородными: Иванов А. А., начальник РОВД, полковник милиции.

Широко известные склоняемые названия согласуются со словом город: в городе Минске.

Правильно: на въезд в город и проживание в нем (в городе).

Название Лобня в сочетании с родовым словом город склоняется: жители города Лобни. 

Верно: грядет (=наступит) в городе. Но: грядет (=идет) в город. Комната - молельная (молельня).

Литературная норма требует склонять русское название в сочетании с родовым словом город: в городе Удачном.