Вариант диоптрия уже вошел в словари. А в «Большом орфоэпическом словаре русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, Р. Ф. Касаткиной (М., 2012) он даже указан в качестве предпочтительного (вариант диоптрия в этом издании дан как допустимый). Так что на наших глазах норма здесь меняется.

Согласно «Большому толковому словарю русского языка» под ред. С. А. Кузнецова, резолюция – письменное заключение, распоряжение должностного лица на деловой бумаге; виза – пометка, подпись должностного лица на документе, означающая разрешение, одобрение, согласие с чем-либо. Иными словами, надпись начальника на документе «Отказать» может быть резолюцией, но не визой.

В русском языке есть омонимичные союз да (хлеб да соль) и частица да (да, были люди в наше время). 

Нет – частица (нет, я не Байрон), но это слово может также употребляться в значении союза (три книги ему принес, нет, ему всё мало) и как предикатив (нет денег).

Что Вы называете йотированными окончаниями в приведенных примерах?

Эти местоимения нельзя считать "окончаниями", однако они употреблены в соответствующем каждому существительному грамматическом роде и числе, при этом определенные закономерности в склонении существительных и местоимений действительно существуют (в современном русском языке эти закономерности легче проследить по полным прилагательным).

Названия букв латинского алфавита (икс, игрек, зет и т. д.), греческого алфавита и других алфавитов склоняются в русском языке. Рекомендация не склонять такие названия в составе формул может быть обусловлена необходимостью точного и однозначного прочтения формулы. Полагаем, что в таких контекстных условиях несклонение возможно (но не обязательно!).

В «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой употребление предлога в в сочетании со словом Крым объясняется тем, что Крым воспринимается как пространство, частично ограниченное горами (а с представлением об ограниченном пространстве связано употребление предлога в).

Это не так. Согласно «Орфоэпическому словарю русского языка» под ред. Р. И. Аванесова, произношение моло[чн]ица в значении 'женщина, торгующая молоком' также допустимо. Вариант моло[шн]ица является в данном случае предпочтительным, но отнюдь не единственно правильным.

В значении 'заболевание' правильно только моло[чн]ица.

Было бы логичнее писать в этом слове ту же гласную, что и в слове считалка, то есть гласную И. Но нужно отметить, что правила правописания регламентируют прежде всего написание регулярных, литературных слов русского языка. Написание окказионализмов (слов, созданных "по случаю") может быть иным, если такова авторская задумка.

Автобус едет – правильно. В словарях русского языка у глагола ехать  зафиксировано значение 'двигаться, перемещаться (о средствах передвижения)'. И идти автобус тоже может, потому что идти  в одном из значений – 'двигаться, перемещаться в пространстве' (не обязательно ступая ногами). Так что оба варианта автобус идет  и автобус едет правильны.