Такое задание в высшей степени некорректно, поскольку лучшие лингвисты-синтаксисты готовы полемизировать по поводу ответа. Но предпочтительным является вариант с включением слова капитан в состав подлежащего. Это слово (капитан) стало бы приложением к имени, если бы оказалось в постпозиции (где станет обособленным: Себастьян Кабот, испанский капитан...). Мы бы за такие задания (вернее, за умысел засчитать как ошибку включение / невключение капитана в состав подлежащего) отправляли в Южную Америку по следам капитана без обратного билета.

Проблема ведь еще и в том, что испанский — определение именно к капитану, а не к имени и не к сочетанию капитана и имени, иначе получится, что подразумевается, будто был испанский капитан Себастьян Кабот, а был еще, скажем, и португальский капитан Себастьян Кабот. Но тогда и это определение нужно включать в подлежащее, что уже совсем странно. Так что мы бы в конечном счете пришли к выводу, что подлежащее — капитан, а его имя — приложение к нему (такие приложения обособлять не обязательно). Но ни на одном сайте, о которых Вы упоминаете, оно не предусмотрено. Хотя любому человеку, хотя бы раз пытавшемуся разобраться с приложениями, известно, что в сочетаниях нарицательного и собственного имен приложением может быть и то, и другое, причем при одном и том же порядке слов. История с приложениями вообще крайне запутанна, противоречива и, по сути, теоретически не разработана.

Если есть родовое слово, название не склоняется; если родового слова нет, название склоняется: я стою у кинотеатра «Рига», но утренний сеанс в «Риге»; я был в бассейне «Москва», но любил плавать в «Москве».

Название компании нужно писать в кавычках и, если оно употребляется без родового слова, склонять: я работаю в «Трайкане», но я работаю в компании «Трайкан». Ср.: побывал в «Ленкоме», но побывал в театре «Ленком».

Часто эти морфемы взаимозаменяемы (как в случае со словами двусторонний и двухсторонний), но есть случаи, когда предпочтение отдается одному из вариантов (ср.: двувидовой, но не двухвидовой; двуединство; двухлетие). Такие слова проверяются по словарю.

Вы не вполне правы: Он не должен был реагировать на происходящее, как клиент (= Будучи клиентом, он вообще не должен был реагировать на происходящее) — Он не должен был реагировать на происходящее как клиент (= Он не должен был реагировать на происходящее так, как отреагировал бы клиент (здесь является сказуемым всё сочетание реагировать как клиент), а должен был бы реагировать каким-о иным образом).  

Правильно: скучаю по всем, по всем вам, по вам одному.

Во всех приведенных вами предложениях слова автора следует начинать с прописной буквы, поскольку все они образуют отдельное предложение. В последнем предложении (если это одно предложение) пропущена запятая: Зачем так официально — «Наталья Борисовна!», «Наташа» вполне подойдёт. Но лучше разделить это предложение на два: Зачем так официально — «Наталья Борисовна!»? «Наташа» вполне подойдёт. Необходимость постановки восклицательного знака вызывает сомнения.

Если бы цель текста заключалась не только в том, чтобы донести информацию, но и в том, чтобы эмоционально воздействовать на читателя, это могла быть парцелляция. Но в данном случае это, скорее всего, просто опечатка.

Разница примерно такая же, как между прилагательными российский и русский: первое больше связано с государственностью, второе – с народностью. Например: латвийский лат (не латышский), но латышский язык (не латвийский). Ср.: российский рубль, но русский язык.