Что Вы называете йотированными окончаниями в приведенных примерах?

Эти местоимения нельзя считать "окончаниями", однако они употреблены в соответствующем каждому существительному грамматическом роде и числе, при этом определенные закономерности в склонении существительных и местоимений действительно существуют (в современном русском языке эти закономерности легче проследить по полным прилагательным).

Названия букв латинского алфавита (икс, игрек, зет и т. д.), греческого алфавита и других алфавитов склоняются в русском языке. Рекомендация не склонять такие названия в составе формул может быть обусловлена необходимостью точного и однозначного прочтения формулы. Полагаем, что в таких контекстных условиях несклонение возможно (но не обязательно!).

В «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой употребление предлога в в сочетании со словом Крым объясняется тем, что Крым воспринимается как пространство, частично ограниченное горами (а с представлением об ограниченном пространстве связано употребление предлога в).

Это не так. Согласно «Орфоэпическому словарю русского языка» под ред. Р. И. Аванесова, произношение моло[чн]ица в значении 'женщина, торгующая молоком' также допустимо. Вариант моло[шн]ица является в данном случае предпочтительным, но отнюдь не единственно правильным.

В значении 'заболевание' правильно только моло[чн]ица.

Было бы логичнее писать в этом слове ту же гласную, что и в слове считалка, то есть гласную И. Но нужно отметить, что правила правописания регламентируют прежде всего написание регулярных, литературных слов русского языка. Написание окказионализмов (слов, созданных "по случаю") может быть иным, если такова авторская задумка.

Автобус едет – правильно. В словарях русского языка у глагола ехать  зафиксировано значение 'двигаться, перемещаться (о средствах передвижения)'. И идти автобус тоже может, потому что идти  в одном из значений – 'двигаться, перемещаться в пространстве' (не обязательно ступая ногами). Так что оба варианта автобус идет  и автобус едет правильны.

Сам по себе корень употребляться не может; можно говорить о допустимости / недопустимости употребления слова с этим корнем. Глагол ложиться (форма повелительного наклонения этого глагола – ложись) входит в состав современного русского литературного языка, а вот глагол ложить – нет, т. е. употребление слова ложить в речи грамотного человека недопустимо.

Слово желательно употребляется, как правило, только в значении сказуемого, после него следует инфинитив или придаточное предложение, присоединяемое союзом чтобы: желательно получить ответ; желательно, чтобы все уладилось. В качестве вводного слова желательно не употребляется; конструкции, подобные приведенной Вами, для русского языка нехарактерны, корректно: желательно, чтобы кандидат был женатым.

Как ни странно, слово забор зафиксировано словарями русского языка как существительное от глагола забирать. Конечно, слово это предпочтительно использовать в терминологическом значении: забор воды, а в таких сочетаниях, как забор товаров, забор документов, оно выглядит как донельзя канцелярское. Тем не менее в деловом стиле его употребление допустимо.