Да и сейчас называют — присоединительная конструкция, которая выделяется запятыми с двух сторон: Черной магой в селах на Донбассе называли, да и сейчас называют, черную монашескую мантию. 

Эти прилагательные характеризуют грунт с разных сторон — со стороны устойчивости к промерзанию и к замачиванию водой соответственно. Следовательно, это неоднородные определения, между которыми не нужна запятая. 

В этих событиях участвовала организация со старым названием, это старое название и должно фигурировать в письме. Но при этом нужно как-то предупредить читателя, что название было изменено.

Правильно только ногтевой. Это не неологизм: по крайней мере, в словаре Даля (а это конец XIX века) уже зафиксировано сочетание ногтевые ножницы (в старом написании: ногтевыя ножницы).

Название «э оборотное» – старое, традиционное название буквы Э, оно соотносит начертание буквы с «перевернутой» кириллической буквой Е. Сейчас при перечислении букв русского алфавита добавлять слово «оборотное» необязательно.

Между однородными сказуемыми находится придаточное предложение что не желает оскорблять ушей учёного немца, которое выделяется запятыми с двух сторон. Запятая перед союзом и закрывает это придаточное предложение.

В этом предложении можно выделить с двух сторон обстоятельственный оборот при рассмотрении заявления в соответствии с ФЗ и проверке представленных документов (он находится между подлежащим и сказуемым).

Возможны оба варианта. Определения можно рассматривать как неоднородные, потому что они характеризуют предмет с разных сторон. Однако они могут стать однородными, если вместе выражают значение 'красивые', 'правильно спроектированные'.

Однако в начале предложения является союзом и не требует постановки знаков препинания. В приведенном Вами примере слова в соответствии с выпиской ЕГРП могут выделяться запятыми с двух сторон.

Ряд определений перед словом оборудование характеризует предмет с разных сторон, а такие определения неоднородны, запятая между ними не ставится: Это и новейшее автоматическое термометрическое оборудование, и геофизические исследования.