Возможны два варианта: вашей организации и указанной организации. Причин для написания слова вашей с прописной буквы нет.

Правильно: Меня зовут Михаил, и я врач. И по образованию, и по призванию. Первое предложение сложносочиненное (две грамматические основы), запятая ставится между его частями. Во втором предложении запятая ставится перед повторяющимся союзом.

Будучи – форма деепричастия от глагола быть. Обороты со словом будучи обособляются.

 Правильно: Заключение "Помощника Врачу" — результат работы ИИ, второе мнение о лечении пациента. 

Обособление нужно. В этих случаях приложение с союзом как осложнено причинным значением. См. об этом параграф 64 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Литературной норме отвечает следующее согласование:

Определение

а) необособленное определение ставится в форме мужского рода (даже при наличии в предложении собственного имени): Уже известный читателям автор Н. Петрова предложила новую статью.

б)  обособленное определение ставится в форме женского рода, если оно стоит после собственного имени: Автор Н. Петрова, уже известная читателям, предложила новую статью.

в) определение-причастие ставится в форме женского рода независимо от порядка слов: Предложившая новую статью автор Н. Петрова уже известна читателям. Автор Н. Петрова, предложившая новую статью, уже известна читателям.

Сказуемое

а) сказуемое в книжно-письменных стилях (особенно в строгой официально-деловой речи) ставится в форме мужского рода: 1) при отсутствии собственного имени; 2) если сказуемое предшествует сочетанию «рассматриваемое слово + собственное имя»: Диссертант изложил интересные наблюдения. Уже известный читателям автор предложил новую статью. Увлекательные заметки предложил редакции известный автор Н. Петрова.

б) сказуемое ставится в форме женского рода, если оно стоит после собственного имени: Автор Н. Петрова предложила редакции увлекательные заметки. Диссертант Иванова изложила интересные наблюдения.

в) сказуемое может быть поставлено в женском роде, если его форма является единственным показателем того, что речь идет о женщине, а пишущему важно это подчеркнуть: Автор – штурман авиационного женского полка ночных бомбардировщиков – посвятила свою повесть памяти боевых подруг.

Постановка определения или сказуемого в форме женского рода в условиях, не отвечающих перечисленным выше, свойственна разговорному стилю.

В этих примерах обороты с как запятыми не выделяются: Он относится к ней как к сестре. Она использует ножницы как оружие. Ты как врач не вызываешь доверия.

Корректно: врач – акушер-гинеколог-эндокринолог. После слова врач – тире, остальные слова соединяет дефис.

Возможное написание: Ковчег Завета.

И так и так правильно.