Такое предложение неоднозначно. Его можно толковать по-разному.

1. Верно без запятых и без тире.

2. Склонять название организации после упоминания ее организационно-правовой формы не нужно.

Да, запятые поставлены правильно.

Слитное написание корректно.

Предлог со фонетически закономерен перед словами, начинающимися с сочетаний [с, з, ш, ж + согласная] или с согласной [щ]: со ста, со славой, со звездой, со шкафа, со жгутом, со щами. Поэтому: со зверем, но с зайцем.

Также предлог со употребляется перед формами с начальными сочетаниями [л, ль, р, м] + согласная: со лба, со мной, со льдом, со ртом; также перед сочетаниями [в] + согласная: со вторника, со всеми, со второго.

Корректно: со вступившим.

Очевидно, что в метре 100 сантиметров (на это указывает часть слова санти...). При этом наличие в рубле ста копеек языковыми средствами не выражено. Это наиболее вероятная причина.

Правильно: ...с возможностью индексации ставки один раз в два года не более чем на 5 %.
 

Очевидно, что вариант «СЗ» узнало/выяснило/поинтересовалось сохраняет грамматическую логику названия в «свободном» от родового слова газета употреблении: «Стахановское знамя» узнало/выяснило/поинтересовалось. ​​​​​​​Если учитывать эту связь, то выбор глагольной формы среднего рода представляется объяснимым. Никаких грамматических правил для подобных сокращенных случаев не существует. Фразы, в которых появляются две буквы вместо двух слов, должны оставаться ясными и понятными, не двусмысленными — это и стоит принимать во внимание при выборе форм.

Во второй части предложения есть формальное подлежащее – местоимение что, а значит, это двусоставное предложение. Получается, правило о непостановке запятой перед одиночными союзами и, или, либо, соединяющими структурно однотипные части, здесь не работает.

Вопрос об общем вводном слове в приведенном предложении не столь прост. С одной стороны, по смыслу слово наверное вполне может относиться как к первой грамматической основе (нездоровится), так и ко второй (что бывает), и это основание не ставить запятую перед союзом. С другой стороны, в предложении можно увидеть не предположения о том, что случилось (сравним действительно альтернативные версии: Наверное, ему нездоровится или его кто-то отвлёк), а сомнения в том, что слово нездоровится можно употребить по отношению к младенцу (в предложении не идет речь о двух предполагаемых ситуациях, а отражен поиск точного слова для обозначения одной ситуации). В таком случае вторая часть будет носить присоединительный характер, и это аргумент за постановку запятой перед союзом. В пользу этой версии может свидетельствовать то, что слово наверное невозможно присоединить напрямую ко второй части: *наверное, что там с младенцами бывает (тогда как предложение Наверное, ему нездоровится или его кто-то отвлёк легко раскладывается на два: Наверное, ему нездоровится и Наверное, его кто-то отвлёк).

Отметим, что приведенное предложение носит разговорный характер, а пунктуационные правила записи разговорной речи не разработаны детально, да и возможно ли их детально разработать, учтя все возможные варианты высказываний, – отдельный вопрос. 

Точка после кавычек в данном случае не ставится (пример исправлен). Точка после кавычек не ставится, если перед закрывающими кавычками стоит многоточие, вопросительный или восклицательный знак, а заключенная в кавычки цитата (или прямая речь) является самостоятельным предложением. Правильно: Старый священник подошел ко мне с вопросом: «Прикажете начинать?»