В качестве вводного корректно обособить.
Запятую нужно поставить.
Потому что запятая не ставится перед открывающей скобкой и переносится за закрывающую. См. параграф 158 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).
Возможна такая пунктуация: Не раз я слышал от него слова благодарности: «Спасибо» — или одобрения: «Умничка».
Пунктуация верна, однако предложение содержит логическую погрешность: вряд ли знание можно назвать навыком.
Возможны варианты — с тире или с запятой.
Если трест является филиалом АО «РЖДстрой», то грамматически корректно: управляющий строительно-монтажным трестом № 11 – филиалом АО «РЖДстрой». Но нужно учитывать, что в официальном названии должности должно быть точно воспроизведено официальное название организации.
