Нет, деепричастный оборот использован неверно.
Вариант замены оборота: С учётом результатов моделирования был изготовлен макет управляемого генератора.
Запятая не требуется.
Корректно: Я обниму тебя, как ты меня, — душою!
Поскольку в этом сложноподчиненном предложении придаточная часть находится перед главной, тире вместо запятой поставить можно. См. параграф 124 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Да, в этом слове корень приват-, суффиксы -из- и -ациj-, окончание -а. Буква я обозначает два звука, из которых первый относится к суффиксу, второй — к окончанию.
Корректно без запятой: «Вишнёвая скатерть бабушки Ани» — именно так мы называем эту скатерть.
Запятая не нужна.
В подобных случаях предложение как вы думаете по значению аналогично вводным словам типа по-вашему. Его уместно выделить запятыми с двух сторон: Если да, то, как вы думаете, присутствует ли комизм ситуации?
В этой разговорной конструкции запятая не нужна.