Оба варианта возможны.

Слово ретро употребляется только в значении "относящийся к прошлому, обращённый в прошлое", поэтому корректно ретроградный Марс, ретроградный Меркурий. 

Возможно.

Да, вторая запятая нужна: она закрывает придаточную часть кого мы ищем в этом городе. Тире при этом тоже нужно: оно отделяет пояснительную конструкцию, относящуюся к местоимению тем.

Лучше так: Подтверждение тому - раскопки в городе Эребуни, современном Ереване, и найденные там старинные кувшины.

Запятая не нужна. По правилам приложение отделяется одиночным тире (второе тире опускается), если приложение имеет более конкретное значение в сравнении со значением определяемого слова.

Нужна запятая перед союзом и, соединяющим части сложного предложения: Тем не менее за два дня я успел отдохнуть, и мне хотелось продолжить дорогу самостоятельно.

Такое оформление возможно, хотя лучше обойтись без первого слова цитаты: По словам одного из героев А. С. Пушкина, «жалок тот, в ком совесть нечиста».

Это не ошибка, так как использование вспомогательного соотносительного слова (указательного местоимения) в сложноподчиненном предложении с изъяснительным придаточным  допустимо, а в некоторых близких конструкциях (прежде всего в местоименно-соотносительных предложениях вмещающего типа: Я всегда восхищался тем, как она поет) обязательно. В особых случаях употребление такого слова при изъяснительном придаточном неизбежно — например, в случае контраста: На прошлом уроке мы говорили о восстании декабристов. А вот о том, какие оно имело последствия, мы поговорим сегодня.

В приведенном примере указательное местоимение, безусловно, избыточно, и это можно считать не ошибкой, но недочетом.

Понятие синтаксического плеоназма, конечно, существует. Достаточно обратиться к Википедии, чтобы в этом убедиться. Кстати, первый пример синтаксического плеоназма, который там приводится, совершенно аналогичен примеру, приведенному в вопросе. (А вот второй пример в Википедии крайне сомнителен.) В конце статьи есть небольшой список источников: все они заслуживают доверия.