Правильно: в Москве. В канцелярской (деловой) речи употребителен вариант в городе Москве.
Правильно: пошли в бассейн, были в бассейне.
Честно говоря, трудно представить себе более некорректный тестовый вопрос. Дело в том, что само понятие орфограммы весьма и весьма условное. Под орфограммой можно понимать как отдельное методически сформулированное правило правописания, так и любой конкретный случай написания, соответствующий правилу (иными словами, в любом тексте столько орфограмм, сколько существует возможностей для ошибки).
Если все же попытаться дать ответ на этот вопрос, можно рассуждать следующим образом. Орфограмма – написание, определяемое на основе правила орфографии. В действующих «Правилах русской орфографии и пунктации» 1956 года в разделе «Орфография» 124 параграфа; полный академический справочник "Правила русской орфографии и пунктуации" содержит 219 параграфов, посвященных орфографическим трудностям. Учитывая, что во многих параграфах общие правила охватывают несколько более частных случаев, можно смело предположить, что верный ответ – более 120.
Заключаются в кавычки только условные названия: Голубая мечеть, Московская соборная мечеть, но: мечеть «Сердце Чечни».
Частица не во второй части предложения выражает отрицание: "учреждений, куда его не звали, уже не осталось".
Сложность в том, что вторая часть формально (в том числе из-за частицы бы) похожа на придаточные уступки, которые пишутся с ни (например: Куда бы его ни звали выступать, везде его ждал успех). Однако это придаточное определительное.
В определенных контекстах такое сочетание возможно (имеется в виду, что изделие доступно в определенном цвете).
В официальных документах принято не склонять, в публицистике и в разговорной речи употребляются склоняемые варианты.
Это слово может быть написано с большой буквы в контексте, где ему приписывается особый высокий смысл.
Название компании «Роснефть» заключается в кавычки. Без кавычек пишутся сложносокращенные названия – краткие наименования органов законодательной и исполнительной власти (министерств, федеральных агентств, федеральных служб, комитетов и др.), например: Госдума, Мосгордума, Рособрнадзор, Росмолодежь, Россотрудничество. Сложносокращенные названия компаний обычно заключаются в кавычки.
Пунктуация зависит от значения слов в общем в данном случае. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".