Да, такие сочетания называют мёртвыми метафорами. См.: 

Ричардс, Ай­вор  А. Фило­со­фия ри­то­ри­ки / А. А. Ричардс ; пер. с англ. Р. И Ро­зи­ной // Тео­рия ме­та­фо­ры / вступ. ст., сост. Н. Д. Ар­утю­но­вой ; пер. под ред. Н. Д. Ар­утю­но­вой и М. А. Жу­рин­ской. – М., 1990. – С. 44–67. 

"Разрешите мне теперь привести пример простейшей, всем знакомой метафоры ножка стола. Мы называем эту метафору мертвой, но она очень легко оживает. Чем отличается она от использования слова в прямом или буквальном значении в та­ком, например, выражении, как нога лошади*.
/* В английском языке, в отличие от русского, вместо двух слов ножка и нога есть лишь одно слово leg — Прим. перев./
Очевидное раз­личие состоит в том, что ножка стола обладает лишь несколькими признаками из числа тех, которыми наделена нога лошади. Нож­ки стола не ходят, они только поддерживают его. В подобных случаях мы называем общие признаки основой метафоры. В приведенном примере мы легко находим основу метафоры, но очень часто это оказывается невозможным. Метафора способна прекрасно работать и тогда, когда мы не можем судить о том, как она работает или что лежит в основе переноса.
<…> Вернемся снова к примеру со словом нога. Мы замечаем, что даже здесь границу между буквальным и метафорическим употреблением слова нельзя считать полностью стабильной или постоянной. В каких случаях это слово используется буквально? У лошади есть ноги в буквальном смысле этого слова, так же, как и у паука. Но что сказать о шимпанзе? Сколько у него ног — две или четыре? А морская звезда? Что у нее — руки, ноги или не то и не другое? А если у человека деревянная нога, что имеется в виду — нога в метафорическом или в буквальном смысле? Можно ответить, что здесь сочетаются оба смысла. С одной точки зрения, слово нога используется в буквальном смысле, а с другой —в метафорическом. 
Слово может одновременно вы­ ступать в своем прямом и метафорическом значениях, так же как на основе этого слова может быть одновременно создано несколько метафор или же в одном значении сливаться несколь­ко. Этот тезис представляется нам крайне важным, поскольку очень часто неверные теории возникают из-за убеждения в том, что, если слово функционирует каким-то одним образом, оно не может в то же самое время функционировать по-другому и иметь одновременно разные значения.

Скорее всего, в данном случае слово согласовать употребляется в значении "получить согласие на что-либо" (имеется в виду согласие ответственного лица или органа).

Собственно говоря, приведенная Вами цитата и есть соответствующий отрывок (с незначительными изменениями, связанными с особенностями рубрикации справочника). У нас издание 2003 года.

Тормозок – набор продуктов на работу, в дорогу; на транспорте и предприятиях, где невозможно или сложно организовать регулярное питание в столовой. Словари русского литературного языка это слово не фиксируют, что позволяет сделать вывод о его употребительности лишь в разговорной речи и жаргонах.

Возможно, сейчас тормозок связан с глаголом тормозить - метафорически "остановиться, чтобы перекусить". Однако жаргонные словари возводят это слово к уголовному жаргону, где тормозок - "вещевой мешок" (буквально: ноша, которая тянет, затормаживает).

Этимологически во всех словах, кроме слов примитивный и приоритет, выделяются омонимичные приставки при-, имеющие различное значение и участвующие в реализации нескольких словообразовательных моделей.

Слово прибаутка образовано от утраченного в современном языке существительного баутка ‘короткий забавный рассказ анекдотического или поучительного характера’ с помощью приставки при-, которая придает значение ‘присоединения, прибавления чего-либо дополнительного к основному’, ср.: приговорка, призвук, присказка.

Слово привередливый образовано от утраченного прилагательного вередливый ‘изнеженный, слабый’ с помощью приставки при- со значением ‘немного, слегка’, ср.: открытый → приоткрытый, спущенный → приспущенный.

О слове пригожий см. ответ на вопрос № 318502.

Слово признание образовано суффиксальным способом от глагола признать. Для этого слова утраченные значения приставки при- и производящего глагола знати являются предметом научной дискуссии. Однако выделение в слове признать этимологической приставки при- очевидно.

Слово приключение произошло от глагола приключитися ‘случиться, произойти’, образованного с помощью приставки при- со значением совершенного вида от глагола несовершенного вида ключитися ‘случаться, происходить’. Глагол несовершенного вида в современном языке утрачен, модель образования глаголов совершенного вида от глаголов несовершенного вида с помощью приставки при- непродуктивна, но сохраняется, ср.: готовить → приготовить.

Слово притязать (буквально: ‘тянуть на себя’) образовано от тязати ‘тянуть’, ср.: тянуть → притянуть.

Слово приличный образовано от существительного приликъ, которое в древнерусском языке означало ‘схожесть (лицом)’, а прилагательное приличный значило ‘похожий’, то есть ‘сообразный’. В современном языке изначальное значение утрачено, слово стало значить ‘подобающий, соответствующий’.

Слово причудливый образовано суффиксальным способом от слова причуда, для которого производящим является слово чудо. Изначально приставка при- придавала значение ‘присоединения, прибавления чего-либо дополнительного к основному’. То есть причуда — нечто, возникшее в результате чуда или как его оттенок. Уже в древнерусском языке слово причуда стало означать странность, каприз, необычное желание — что-то, что примыкает к чуду, но не является чудом в полном смысле. Это же значение сохраняется в относительном прилагательном причудливый.

Слово прискорбный образовано от существительного прискорбие, которое произошло от вышедшего из употребления глагола прискорбеть со значением ‘начать скорбеть, приблизиться к состоянию скорби’ (производящее слово — глагол скорбеть). Таким образом, изначально прискорбный — это ‘начинающий скорбеть, приближающийся к скорби’, такое значение вносила приставка при-. В современном языке слова прискорбие и скорбь, прискорбный и скорбный употребляются как синонимы, которые отличаются только стилистически или контекстуально.

Во всех рассмотренных словах при синхроническом словообразовательном анализе возникают сомнения, является ли при- приставкой или входит в корень. Современные словообразовательные словари рассматривают этимологическую приставку в этих словах как часть корня. При собственно морфемном анализе, который учитывает не только формо- и словообразовательную структуру слова, но и членение по аналогии приставка при- может выделяться.

Слово примета в современном языке сохраняет словообразовательные связи с производящим глаголом приметить, образованным от метить с помощью приставки при- со значением результата действия (совершенного вида), ср.: бить → прибить → прибой. Поэтому в этом слове приставка выделяется и при синхроническом словообразовательном, и при собственно морфемном анализе.

В словах примитивный и приоритет приставка не выделяется. Это заимствования.

В этом предложении сочетание в том числе не выделяется запятыми.

Вы задали вопрос, на который не так просто ответить, потому что прописанная в руководствах по орфографии рекомендация основана на смысловом критерии, допускающем разные трактовки и приводящем к разным орфографическим решениям. Попробуем сформулировать точки зрения лингвистов коротко.

1. Правильно написание Количество товаров ограничено. В этой фразе отглагольное образование является причастием. Ограничено – это форма глагола ограничить, обладающая глагольным значением 'поставить в какие-либо границы, рамки; стеснить какими-либо условиями'. Признак ограниченности процессуальный, временный: он существует столько, сколько длится акция. В ситуации, описываемой фразой Количество товаров ограничено, обязательно присутствует какой-то субъект (например, руководитель компании), который ограничил количество товаров. 

2. Правильно написание Количество товаров ограниченно. Отглагольное признаковое слово можно считать формой прилагательного ограниченный. В толковых словарях это прилагательное толкуется так: 'небольшой, незначительный' (Ограниченные средства. Соль следует употреблять в ограниченном количестве. Ограниченный обзор. Ограниченный круг знакомых. Человек ограниченных способностей) и 'c недостаточными знаниями, с узким кругозором' (Очень ограниченный и самоуверенный человек. Ограниченные люди редко сомневаются в своих способностях). В разбираемой фразе реализуется первое значение прилагательного: количество товаров ограниченно означает, что товаров немного, незначительно, мало. И это вполне может быть связано не с волей некоего субъекта, а с тем, что товар просто заканчивается. Соответствует этому рассуждению пример из «Русского орфографического словаря»: наши возможности ограниченны. 

3. Есть и еще одна – отчасти примиряющая – позиция. Во фразе возможны оба смысла, они нейтрализуются, то есть не различаются. Пишущий не обязан знать обо всех нюансах ситуации, к тому же они могут быть скрыты (не всегда компания, сообщающая об ограничении товаров, готова обнародовать истинные причины своих действий). Далее рассуждения переносятся с одного частного случая на весь корпус кратких отглагольных образований. При нейтрализации возможны две стратегии нормирования: 1) признать допустимой вариативность написаний, 2) утвердить один вариант – с н или нн. Первая стратегия отражает лингвистическую сущность явления, но она приведет к разнонаписаниям. А это представляется плохим решением и для орфографии, и для пишущих. Вся многовековая эволюция русского письма подчинена движению к унификации, отказу от вариативности, даже лингвистически обоснованной. Например, вполне возможно вариативное написание многих наречий и ученые не раз предлагали узаконить его. Однако всякий раз дискуссия приходила к тому, что орфографическая вариативность неудобна: пишущему все равно придется выбирать между двумя вариантами и двоякие написания будут мешать формированию зрительного облика слова, очень важного для приобретения навыка беглого чтения. 

Из сказанного вытекает предложение, сейчас осторожно высказываемое некоторыми лингвистами при обсуждении этой болезненной темы. Можно было бы установить единое написание, не требующее различения кратких причастий и прилагательных. Если такой выбор делать, то закреплять нужно написание с одним н, так как именно варианты с одним н абсолютно преобладают в практике письма. В пользу такого решения говорит и то, что в устной речи мы не используем для подобных слов никаких сигналов «причастности» или «прилагательности» и это никак не мешает взаимопониманию.

Конечно, возникает вопрос, что делать с теми несколькими словами, на которых традиционно объясняют правила об орфографическом различии кратких причастий и отглагольных прилагательных (например: воспитана – воспитанна, образована – образованна, рассеяна – рассеянна). Прилагательные этой группы можно оставить исключениями из общего правила о написании с одним н, а можно подвести и под общее правило. В пользу второго решения говорят современные исследования, показывающие, что даже в грамотном узусе (в текстах, прошедших редакторскую и корректорскую обработку) устойчиво не различаются соотносимые краткие причастия и прилагательные, а во многих случаях различить две части речи оказывается просто невозможно, как в предложении Количество товаров ограничен(?)о.

Верно: бесхлорофилльный. Написание с одной л ошибочно.