В данном контексте слова "будет необходимо" и "необходимо будет" могут считаться взаимозаменяемыми, оба варианта верны и зависят от стиля и ритма предложения. Что касается обособления оборота "в случае", запятая после слов "согласования" не требуется.
Запятая перед как не требуется.
Школьное правило таково: в глаголах в форме прошедшего времени перед -л- сохраняется та же гласная, что и в инфинитиве перед -ть: поставить - поставили.
Оба варианта верны.
Знаки препинания стоят верно.
Запятая не нужна: После генерации ключа и добавления в файл его необходимо установить на WAS.
Запятая перед сравнительным оборотом нужна, пропускать ее в приведенном контексте нет оснований.
Запятая нужна: она отделяет причастный оборот от находящегося перед ним определяемого слова.
Корень исчез-.
