Орфографически верно написание только первого слова в "закавыченном" собственном наименовании с прописной буквы.

Знаки препинания расставлены верно. Это сложноподчиненное предложение, где главная часть представляет собой односоставное определенно-личное предложение. Постановка тире возможна — см. § 124 в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

В «Морфемно-орфографическом словаре» А. Н. Тихонова, а также в «Словаре морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой в слове закладка выделен корень -клад- (за-клад-к-а). Это результат анализа морфемного состава слова (разбор слова по составу в школьной терминологии).

Также это слово фиксируется в словообразовательных словарях разного объема, включая большой двухтомный «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова. Этот словарь отражает не полный морфемный состав слов, а только их словообразовательные связи и словообразовательные средства, использованные при образовании каждого производного слова; в заголовке (вершине) словарной статьи словообразовательного словаря находится непроизводное слово, далее указываются словообразовательные цепочки, демонстрирующие образование всех слов, входящих в словообразовательное гнездо. В «Словообразовательном словаре русского языка» А. Н. Тихонова показано, что слово закладка образовано с помощью следующей словообразовательной цепочки: класть → за-класть (приставочный способ) → заклад-ыва-ть (суффиксальный способ) → заклад (бессуфиксный способ) → заклад-к-а (суффиксальный способ). В каждом производном слове, входящем в словообразовательное гнездо, выделяются морфемы, с помощью которых оно образовано; полное морфемное членение слов отсутствует. Например, в глаголе закладывать указаны только границы суффикса -ыва-, а граница между приставкой и корнем ― нет. По этой же причине не указана морфемная граница между приставкой за- и корнем -клад- в словах заклад и закладка, хотя эта граница есть.

Возможно, в задании было предложено выполнить словообразовательный, а не морфемный разбор слова закладка. При словообразовательном разборе необходимо установить, от какой производящей основы и с помощью какого словообразовательного средства образовано данное производное слово; полное членение производящей основы на морфемы не производится. В таком случае заклад — это производящая основа, производная — заклад-к-, словообразовательное средство — суффикс -к-(заклад → заклад-к-а). 

Для правильного морфемного и словообразовательного разбора слов надо знать принципы этих типов анализа (разделы «Морфемика» и «Словообразование» в школьной программе). Для проверки следует использовать морфемные и словообразовательные словари. Чтобы понимать, каким образом информация о структуре слова представлена в том или ином словаре, перед использованием словаря необходимо внимательно ознакомиться с теоретическими принципами строения словаря и особенностями структуры словарных статей. 

Запятая перед скобками никогда не ставится. Таким образом, верны вторые из приведенных Вами вариантов оформления.

Указанные запятые не нужны.

1. Лучше: наградить почетными грамотами следующих студентов... (если имеется в виду, что каждому студенту будет вручена грамота).

2. Да, конечно, такую фамилию также нужно склонять.

Да, согласование верно, так как определение расположенный согласуется со словом объект.

Эти слова-паразиты обособляются.

1. Конструкция Зачастую даже не встретившись вовсе не является предложением, поэтому невозможно судить о ее пунктуационном оформлении.

2. Если ударение в имени Лахджа падает на первый слог, то форма его творительного падежа — Ла́хджей.