У всех одушевленных существительных во множественном числе винительный падеж совпадает с родительным: братья, (нет) братьев, вижу братьев; коты, (нет) котов, вижу котов, а у неодушевленных – с именительным: столы, (нет) столов, вижу столы. У слов мужского рода второго школьного (первого академического) склонения это проявляется и в единственном числе: стол, (нет) стола, вижу стол, но кот, (нет) кота, вижу кота.

В обоих случаях в концовке письма запятая будет уместна.

Лучше: ...как входного, так и выходного отверстия. Концовка предложения корректна.

Правильно: дру-зья, кры-лья. Нормы, регулирующие перенос в этих словах, неизменны уже много десятков лет: при переносе слов нельзя ни оставлять в конце строки, ни переносить на другую строку часть слова, не составляющую слога; нельзя оставлять в конце строки или переносить на другую строку одну букву; нельзя отрывать буквы ь и ъ от предшествующей согласной (ср. с примерами из сборников правил: бу-льон, крес-тьянин).

Этот ответ очень старый. Он был дан по правилу о написании кратких причастий и отглагольных прилагательных. В кратком отглагольном прилагательном рекомендуется писать столько же н, сколько и в полном. Данная область письма изучалась лингвистами, в результате стало понятно, что правило не вполне соответствует реальной норме письма. Попытка уточнить, скорректировать рекомендации была сделана в академическом «Русском орфографическом словаре» в виде предписаний для каждого слова в отдельности. Современным словарным рекомендациям соответствует написание Она была расстроена. 

Такая форма неправильна. Нормативны две формы родительного падежа мн. числа: оконцев и оконец.

Сочетание обращения "уважаемый" и концовки "с уважением" в принципе возможно, хотя и нежелательно.

Из Вашего вопроса не вполне ясно, на что именно должен быть пример. Если пример на употребление мягкого знака вообще, то с мышью всё в порядке: мягкий знак пишется на конце форм именительного падежа ед. числа существительных женского рода 3-го склонения. Если же нужен пример на употребление мягкого знака для обозначения мягкости парного согласного (на конце слова или в середине слова), подойдут, например, слова голубь и письмо.

Организовать – глагол совершенного и несовершенного вида (в прошедшем времени – только совершенного вида). Организовывать – глагол несовершенного вида. Ср. в прошедшем времени: менеджер организовал встречу (действие доведено до конца) – менеджер организовывал встречу (неясно, доведено ли действие до конца).

В настоящем времени возможны оба варианта: организовывает и организует. Предпочтительно все же: организует, т. к. некоторые справочники рекомендуют использовать основу глагола организовывать для передачи процессуальности только в формах прошедшего времени.