Это случай так называемой орфографической гиперкоррекции. Пишущие стремятся избежать ошибки, зная, что многие непонятные или странные короткие слова представляют собой аббревиатуры, и записывают любое такое слово заглавными буквами, особенно если есть подходящая ассоциация или аналогия. Например, так часто записывают название индийского штата Гоа (очевидно, по ассоциации с названиями типа ОАЭ), существительное каско (очевидно, по аналогии с ОСАГО) и т. д.

Кажется, что несклонение имени граф де Ла Фер можно объяснить разве что традицией. Поскольку авторы перевода романа «Три мушкетера» последовательно склоняют аналогичную фамилию де Ла Порт: Не говорил я вам разве, что она крестница господина де Ла Порта, доверенного лица королевы? Так вот, господин де Ла Порт поместил мою жену у ее величества...

Корректно: подскочи еще выше.

Вы (как, впрочем, и большинство выпускников школы) не вполне верно трактуете понятие причастный оборот. Разумеется, причастный оборот ― это причастие с зависимыми словами, но само по себе наличие причастного оборота еще не повод для выделения его запятыми. Так, деепричасный оборот выделяется запятыми потому, что он имеет значение дополнительного действия. Причастный же оборот выделяется в тех случаях, когда он имеет значение акцентированного определения (например, стоит после определяемого слова, как в предложении Облака, летящие над землей, казались призраками его мечтаний, или имеет не только определительное, но и дополнительное обстоятельственное значение, как в предложении Скошенная с утра, трава уже к полудню сухо шуршала под ногами; см. правила обособления определений), и неважно, выражено такое определение причастием или прилагательным (ср.: Облака, прозрачные и прерывистые, казались призраками его мечтаний). В приведенном Вами примере внутри деепричастного оборота имется словосочетание молотые и обжаренные какао-бобы, в котором определение выражено причастиями, но условий для его обособления нет.  

Формально это сложное предложение (в нем две грамматические основы), поэтому запятую нужно поставить.

Запятая ставится (отделяется придаточная часть предложения).

Нужно писать строчными буквами: протест прокуратуры. Юридический термин: протест прокурора.

Оба сочетания существуют в русском языке и немного различаются значением: по словам кого-либо – 'как говорит, пишет, учит, сообщает и т. п. кто-либо'; со слов кого-либо – 'основываясь на чьем-либо устном сообщении'. Например: по словам министра, нам известно... (=министр сказал, что нам известно); со слов министра нам известно (= нам известно благодаря словам министра).

Между частями предложения лучше поставить двоеточие: Посадил он перед подъездом маленький саженец и сказал соседям: если они не будут трогать дерево, то все у них будет хорошо.

Мы бы не поставили запятую после "раз".