Союз в случае если при присоединении придаточной части к главной может расчленяться и не расчленяться. Об этом подробно написано в «Справочнике по пунктуации». В правилах не описывается ситуация, при которой придаточная часть с составным союзом заключается в скобки. На наш взгляд, расчленение союза в этом случае нежелательно, так как заключенная в скобки часть должна читаться с особой интонацией вставной конструкции – с понижением тона и в более быстром темпе. Запятая между частями союза требует паузы при чтении и постановки логического ударения на первой части союза. Совмещать эти интонационные рисунки сложно и не нужно.

Большой толковый словарь

Прекрасная идея! Правила орфографии и пунктуации не идеальны, но есть и хорошая новость: они за последние два-три столетия существенно улучшились (как раз благодаря названным Вами ученым-лингвистам). 

Однако знаки препинания - это инструменты письменной речи. Они помогают точнее воспроизвести речь звучащую (паузы, интонации, логическое членение и т. д.). А вот "дважды два" - не инструмент. Согласны? В хозяйстве разные инструменты нужны, и разные возможности их использования. Так и с запятыми: есть разные возможности (иногда один инструмент можно заменить другим, отвертку - шуруповертом), есть гибкие правила использования. 

Сравните с нотной записью: одну и ту же мелодию можно записать чуть по-разному.

В практике письма конструкции данного строения, включающие наречие очень, оформляются двояко, без отчетливого преобладания одного из вариантов; ср. примеры из современной прессы: …Коронавирус очень опасный противник [Парламентская газета, 2020], Лихорадка Марбург — очень редкая болезнь [Парламентская газета, 2021]. По правилам тире не ставится, «если между подлежащим и сказуемым-существительным стоит вводное слово, обстоятельство или дополнение, а также союз или частица». Эта формулировка, как и иллюстрирующие ее примеры, не позволяют однозначно определить, относятся ли сюда случаи, когда обстоятельство-наречие зависит от прилагательного, входящего в группу сказуемого. Кроме того, постановка тире возможна при акцентировании паузы перед составом сказуемого. В силу указанных обстоятельств можно считать, что членение предложения с помощью тире в подобных случаях остается на усмотрение пишущего.

Корректно: Символ аутизма, пазл, означает, что каждое проявление этого диагноза уникально и Символ аутизма — пазл — означает, что каждое проявление этого диагноза уникально.