Указанная запятая нужна, написание без запятой ошибочно.

Знаки препинания стоят правильно.

Конечно, Вы можете попросить сделать исключение для Вашей фамилии.

Запятая не ставится.

Нужно убрать один красный карандаш, синий оставить.

Вы правы, запятая перед и в том предложении не нужна.

Здесь действует следующее правило.

При двух или нескольких управляющих словах общее зависимое слово допустимо тогда, когда каждое из управляющих слов требует того же падежа и предлога, например: читать и конспектировать книгу; подбирать и готовить кадры.

Наличие общего зависимого слова при различном управлении нарушает стилистическую норму, например: «с помощью и в сотрудничестве с местными организациями» (ср. правильный вариант: с помощью местных организаций и в сотрудничестве с ними).

Поэтому в Вашем случае верно: управление системой и контроль над ней. О предлогах при слове контроль см. в вопросе 277510.

См. в "Справочнике по пунктуации".

Запятая между и и когда нужна.

Можно.