Всё зависит от типа текста: рассказывая о своем предке, Вы, разумеется, вправе называть его Тимофеем Михайловичем, однако при цитировании официальных документов должны приводить оригинальную форму записи. 

Поскольку японский согласный звук [tɕ], который передается сочетанием латинских букв ch, отсутствует в русском языке и представляет собой нечто среднее между звуками [т'] и [ч], то произносить это имя можно разными способами, однако написание Итати явно провоцирует произношение через [т'].

В соответствии с действующими правилами орфографии употребление буквы ё в именах собственных любого типа (именах людей, фамилиях, географических наименованиях) рекомендуется, однако не является обязательным.  

Оба варианта написания корректны, однако более частотно сочетание "отбор проб производится».

Поскольку это слово диалектное, то написание его не нормировано. Однако если оно восходит к глаголу копать, то логичным будет написание копорулька. 

Правильно: «В торговой сети "Лавка"».

Такое употребление возможно, однако назвать полными синонимами союзы если и что в этой функции нельзя. 

В японском языке звук «с» на письме обозначается двумя способами: хираганой (す) и катаканой (ス). В случае с суши/суси оба варианта являются правильными, так как это слово может быть записано как хираганой, так и катаканой. Однако в русском языке принято произносить это слово как «суси», с заменой «с» на «ш». Это связано с тем, что в японском языке звук «ш» не существует, и «с» в словах, заимствованных из японского, часто заменяется на «ш» для более точного соответствия произношения.

Мы уже отвечали на этот вопрос. См. 316803

Запрета на такую пунктуацию нет, однако лучше: ООО "Радуга" (далее — Радуга), которая является аккредитованной компанией, открыла новый филиал в Москве.

Обладателей медали (увы, слово медалист «занято» выпускниками средней школы и спортсменами) иногда называют кавалерами медали. Однако следует иметь в виду, что толковые словари русского языка указывают только на орден как тип награды, какая вручается кавалеру.