Если без такой тавтологии не обойтись, то ее можно хотя бы обыграть. Например: Город Комсомольск-на-Амуре, как нетрудно догадаться, получил такое название потому, что он расположен на берегу реки Амур.
Корректно: студентка вуза (см. статью в орфографическом словаре), экскурсия по Томску (об употреблении слова город перед названием можно прочитать в «Письмовнике»).
Верно: в городе Ганновере.
Лучше всего: мэру Хабаровска. Канцелярский вариант: мэру города Хабаровска. Вариант мэру города Хабаровск не соответствует литературной норме.
См. «Письмовник».
См. «Азбучные истины».
Корректно: в городе Нерехте.
Верно: из города Тяньцзинь.
Грамматически правильно: в городе Москве. Однако такой вариант следует характеризовать как специфически-канцелярский (т. е. употребительный преимущественно в официально-деловой речи). Он не соответствует литературной норме.
Верно: в городе Узловая.