Практика письма показывает, что обороты с предлогом исходя из чаще выделяются запятыми. Чаще, но далеко не всегда. Нередки в современной письменной речи и случаи необособления данного оборота. Это как раз и говорит о факультативности постановки здесь запятых, о том, что каждый пишущий (и каждый сотрудник «Справочного бюро», отвечающий на данный вопрос) принимает решение о постановке / непостановке запятых, ориентируясь на собственный языковой вкус.
Определения мрачный и пустынный в общем случае характеризуют берег с разных сторон: мрачный говорит о производимом им гнетущем впечатлении, пустынный — об отсутствии на нём людей, животных, растений. Следовательно, запятая между ними не нужна. Другое дело, что второй из этих признаков тоже может производить гнетущее впечатление. Если требуется подчеркнуть это в художественном тексте, то определения можно счесть однородными и поставить между ними запятую.
Причастие — слово глагольное, указывает на процесс, на то, какие эмоции и чувства переживает кто-либо, когда говорит о чем-либо ненавидимом. Прилагательное «сосредоточено», если можно так выразиться, на негативных свойствах объекта ненависти. Смысловое различие проявляется в сочетаемости паронимов: искренне ненавидимый, всеми ненавидимый, ненавидимые за свои поступки; ненавистный ему порядок вещей, все вокруг было для нее ненавистным, делаю, что ненавистно мне.
Не пишется раздельно, потому что в данном случае отрицается понятие, а не создается новое. Мы легко можем подставить слова, усиливающие отрицание: отнюдь не голодна, вовсе не голодна, но совершенно неестественной была бы подстановка слов, подчеркивающих утверждение (очень, крайне, весьма, чрезвычайно, в высшей степени и др.): *она в высшей степени неголодна (?) Это говорит о том, что перед нами отрицание признака, поэтому нужно писать раздельно.
Конечная позиция оборота с союзом как говорит о том, что он является смысловым центром предложения и имеет значение «в качестве»: И. И. Иванов исключен из списков личного состава сотрудников как погибший при выполнении спецзадания. При другом порядке слов на первый план выходит значение причины: И. И. Иванов, как погибший при выполнении спецзадания, исключен из списков личного состава сотрудников.
Наличие во второй части обстоятельства в устьях некоторых рек и в отдельных заливах (оно относится ко всей грамматической основе, то есть представляет собой детерминант) говорит о том, что эта часть действительно является неполным предложением. Без этого обстоятельства мы бы имели дело с присоединительной конструкцией, сравним: Каждый день в этом месте уровень океанских вод поднимается и снижается, причем на несколько метров.
В этом предложении деепричастие обозначает дополнительное действие и не несет в себе значение обстоятельства образа действия, в отличие от примеров типа Жили Артамоновы ни с кем не знакомясь или Старик шёл прихрамывая на правую ногу (см. примечание к параграфу 20.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя), что говорит о необходимости постановки запятой: ...никогда не выеду за ворота автопарка, не помолившись.
Единой точки зрения нет. Одни языковеды считают причастие формой глагола, другие – особой частью речи, имеющей признаки как глагола, так и прилагательного. Но в двухтомной академической «Русской грамматике» 1980 года, обобщившей все достижения отечественной грамматической теории, причастие названо формой глагола. Видимо, лучшим (и самым честным) ответом на экзамене будет именно такой: это дискуссионный вопрос в отечественной лингвистике, но академическая «Русская грамматика» называет причастие глагольной формой.
Решение практических вопросов грамматики (к сожалению или к счастью) неотделимо от грамматической теории. Поэтому уже в 3-м классе нужно учить детей группировать слова по грамматическим признакам; например, говорить о собирательных существительных, при этом не злоупотребляя грамматической терминологией. Интересные идеи преподавания грамматики в школе можно найти в работах И. Г. Милославского, например: "Зачем нужна грамматика?: Книга для внеклассного чтения". Библиографию этого ученого можно найти в Интернете.
В подобного рода списках обычно не требуется выражение тема доклада: сама структура документа говорит о том, что после фамилии и инициалов выступающего следует тема его выступления. При этом имя выступающего следует отделить от темы точкой и выделить тему шрифтом; заключать тему выступления в кавычки при этом не требуется:
Иванов Иван Иванович. Новые принципы мониторинга терапевтических отношений и эффективности в подходе «Нейроконструктивная терапия»