Корректно: Могучий Дуб, Сидящий на Реке. В именах все слова, кроме служебных, следует писать с прописной буквы, дефисы ставить не следует, ср.: Петушок со Шпорами (герой сказок), Людвиг ван Бетховен, Леонардо да Винчи.

Тире между подлежащим и сказуемым-существительным ставится на месте отсутствующей связки. Поскольку в приведенном предложении связка присутствует (есть — форма настоящего времени глагола быть), для постановки тире нет оснований: Правильно помысленное есть начало открытия.

В зависимости от того... - здесь и должно быть раздельно (от того - сочетание предлога и местоимения).

Орфографический словарь

Эта — указательное местоимение женского рода (эта девочка), а слово это может быть как указательным местоимением среднего рода (это окно), так и частицей: усилительной (Кто это пришёл?) или употребляющейся как связка (Музыка — это блаженство). 

Конкретно в сочетании Ставка Верховного Главнокомандования (в период Великой Отечественной войны) все три слова по традиции пишутся с большой буквы, что зафиксировано словарями. См.: Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Прописная или строчная? М., 2005.

Подлежащее - большинство группы, сказуемое (составное именное) - были приезжие. При так называемом обратном согласовании связка согласовывается не с подлежащим, а с именной частью составного сказуемого. О подлежащем и сказуемом читайте в учебнике Е. И. Литневской.

Вариант 3 имеет право на существование. В газетных текстах (особенно в заголовках) кавычки при прямой речи, цитатах нередко опускают, сохраняя прописную букву в начале цитаты. Ср. пример из справочника Д. Э. Розенталя «Пунктуация»: Президент Франции сказал: Обмен мнениями был полезен.

1. Запятые нужны, а двоеточие не требуется: Они постоянно обменивались фразами "Всë хорошо?", "Ничего не болит?", "Как себя чувствуешь?". 2. Корректно: Он сказал что-то наподобие "У меня нет сил". Как только я заговорил об этом, они все такие: "Фу, ужас".

Пришелец – существительное мужского рода. Но сказуемое при нем может быть поставлено в женском роде, если его форма является единственным показателем того, что речь идет о существе женского пола, а пишущему важно это подчеркнуть. В этом случае сочетания типа пришелец сказала допустимы.

Если название организации заключается в кавычки, то кавычки сохраняются и в том случае, если название оказывается внутри прямой речи (предпочтительно при этом использовать кавычки разного рисунка). Например: «Я люблю останавливаться в гостинице "Россия"», — сказал он.